PDB-8p7o: Isopenicillin N synthase in complex with Fe and Aad-Cys-[(S)-1-am...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p7o

タイトル

Isopenicillin N synthase in complex with Fe and Aad-Cys-[(S)-1-amino-2-methylpropane-1-sulfonic acid]

要素

Isopenicillin N synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / penicillins / biosynthesis / 2OG oxygenases / antibiotic

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Rabe, P. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Isopenicillin N synthase in complex with Fe and Aad-Cys-[(S)-1-amino-2-methylpropane-1-sulfonic acid]
著者: Rabe, P. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2023年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p7o.cif.gz	194.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p7o.ent.gz	126.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p7o_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p7o_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8p7o_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	8p7o_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/8p7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/8p7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zap
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isopenicillin N synthase

ヘテロ分子

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.259, 74.459, 100.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isopenicillin N synthase / IPNS 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ) 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / プラスミド: pCold_IPNS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-X5L / (2~{S})-2-azanyl-6-[[(2~{R})-1-[[(1~{S})-2-methyl-1-sulfo-propyl]amino]-1-oxidanylidene-3-sulfanyl-propan-2-yl]amino]-6-oxidanylidene-hexanoic acid 分子量: 399.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₅N₃O₇S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.64 % / 解説: needle morphology, 4 um x 4 um x 180 um
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.3 / 詳細: 1.7 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryogenic / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→59.93 Å / Num. obs: 35099 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.27 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.371 / R_pim(I) all: 0.104 / R_rim(I) all: 0.386 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 3.208 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1829 / CC_1/2: 0.488 / R_pim(I) all: 0.887 / R_rim(I) all: 3.33 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→59.93 Å / SU ML: 0.196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1213
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2267	1759	5.03 %
R_work	0.1961	33245	-
obs	0.1976	35004	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→59.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2605	0	41	378	3024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	2966
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5269	4064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0439	427
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	543
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.881	1060

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.75	0.3704	127	0.3164	2506	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.75-1.8	0.3317	172	0.2911	2482	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.8-1.86	0.31	134	0.278	2522	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.86-1.92	0.2439	134	0.2539	2501	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.92-2	0.2508	120	0.2283	2529	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2-2.09	0.2668	141	0.2061	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.09-2.2	0.2482	117	0.1987	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.34	0.2462	131	0.1974	2526	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.34-2.52	0.2234	155	0.1964	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.52-2.77	0.2251	135	0.1927	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.17	0.1926	136	0.1868	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-4	0.1774	138	0.1524	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
4-59.93	0.1805	119	0.1672	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.51626942769	-0.297289308481	-0.00664058214046	1.90054274745	0.363373802808	1.95197144771	-0.0153968799758	-0.106241321805	-0.119451216817	0.137183541877	-0.0038439513329	0.039726407943	0.109522871524	-0.0983763436023	0.0303552394608	0.150593935785	-0.0116587445369	0.0109962599377	0.15632341995	0.0273434025327	0.127122796265	4.71390371353	-4.57788867753	14.5505801114
2	1.17653353675	-0.310571606542	-0.0787634446965	0.922772523882	0.0174765032677	0.350304050046	0.0480011862547	0.0317803191213	-0.083876719725	-0.134376722173	0.0252832957259	0.232683925305	0.0102387562324	-0.085564962011	-0.0479642123807	0.139791653103	-0.00325036969317	-0.0202340619205	0.147788774803	-0.014454474845	0.130320792238	-2.38853753	1.7142128233	-2.19988135804
3	5.27762656945	0.690476972749	-1.81997214276	2.69328160889	-0.414751783493	2.51361745359	0.0620633158195	0.372794602875	0.0606000022352	-0.120411933064	-0.0331171748615	0.314080361502	-0.31108314087	-0.0622551639524	-0.0556756289055	0.264630572557	0.00729857449351	-0.0199885274181	0.138143510998	-0.0155557522689	0.16391623415	7.26028092865	6.15678718365	-23.3706592618
4	1.07259397847	0.288705927141	0.267977936345	1.82713317849	0.648676405772	2.06356122376	-0.119865343259	0.149644124249	0.0521649464099	-0.304349299258	0.0963703462174	0.0509028791716	-0.220691453625	0.176004981667	0.0085298487272	0.124599791	-0.00255338852277	0.00566382259159	0.11252066447	0.0096605191818	0.0974622537633	10.7008339277	6.45761813239	-15.0269987414
5	2.60485732552	0.349371670033	0.323912379245	0.894073612908	0.000753657315177	1.75380344813	-0.110853548666	0.379162166002	0.195315579652	-0.0599658072482	0.0784220345836	0.0133163167247	-0.355619866505	0.0957285732173	0.048090476866	0.240013442711	-0.0222748303508	0.0057408451493	0.127916508174	0.0259730444398	0.11556626691	11.3212446427	15.4950121733	-12.9274457789
6	1.12578771592	-0.460409584588	1.14735714293	0.985056777683	-0.639195697615	3.33387770223	-0.0311767454928	-0.0489990658348	0.136240179298	-0.059069671204	-0.0420362262412	0.0170284687229	-0.181329136627	-0.194093007072	0.0538999602298	0.155835378894	-0.00289897508878	0.0185633655345	0.10457133742	-0.00229520306214	0.134734070803	5.50930177074	9.05037818393	2.92715809014
7	0.6114257855	0.170053845618	0.266443346966	0.908857714504	-1.5511093746	6.56534085363	0.0695562992636	-0.0670808264266	0.0334086386659	0.0919047910268	-0.0699711466256	-0.0320693252373	-0.538141282106	0.481205801788	0.0426880457466	0.155199004665	-0.0192645664666	0.0025031420035	0.14046323988	-0.00745242410519	0.141142800249	15.8529287435	10.4587449318	9.5407141749
8	1.11353702252	0.0888502959059	0.524048169883	1.10670346496	0.128690426749	1.8704344688	0.0468497384434	-0.0174081877391	-0.0944841980775	-0.0390603762196	-0.0352057858278	0.0500665586227	0.117364071176	-0.0474642587702	-0.0194163056123	0.120350183213	0.00497131676322	0.0118917731681	0.124447682235	0.00725700920861	0.133227550189	8.29228773802	-8.52562031808	-3.89821363542
9	1.22606562721	-0.064412236558	0.125465675937	0.619435328605	-0.233018696197	1.42189789185	0.0471660136308	-0.0934587062177	-0.0595322390297	0.09070431035	-0.187111307392	-0.22402508733	0.0457725659787	0.763351745838	0.152491016746	0.218447549879	-0.0278975687835	-0.0230280744795	0.353230902018	0.0566226438409	0.211228040146	26.2501979297	2.12578547817	10.3617021067
10	0.700424827599	0.262958692442	0.896386540892	2.0692860716	2.43642455685	3.43190076791	-0.100125258805	0.0456247929265	-0.115018164793	-0.341996933779	0.171618419684	-0.0819293829109	-0.0429270027681	0.305134890672	-0.0615700029459	0.239201667883	0.00484085770654	0.0233627648583	0.237461859605	0.0409275196495	0.18087484058	21.2196248288	-1.02986850553	-8.45361719333

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 37 )	2 - 37	1 - 36
2	2	chain 'A' and (resid 38 through 62 )	38 - 62	37 - 61
3	3	chain 'A' and (resid 63 through 82 )	63 - 82	62 - 81
4	4	chain 'A' and (resid 83 through 114 )	83 - 114	82 - 113
5	5	chain 'A' and (resid 115 through 137 )	115 - 137	114 - 136
6	6	chain 'A' and (resid 138 through 164 )	138 - 164	137 - 163
7	7	chain 'A' and (resid 165 through 182 )	165 - 182	164 - 181
8	8	chain 'A' and (resid 183 through 286 )	183 - 286	182 - 285
9	9	chain 'A' and (resid 287 through 312 )	287 - 312	286 - 311
10	10	chain 'A' and (resid 313 through 331 )	313 - 331	312 - 330

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)