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- PDB-8p7a: Crystal structure of the ORD domain of human ORP8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p7a
タイトルCrystal structure of the ORD domain of human ORP8
要素Oxysterol-binding protein-related protein 8
キーワードLIPID TRANSPORT / oxysterol-binding protein-related protein 8 / lipid / transport
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylserine acyl-chain remodeling / phosphatidylserine transfer activity / Acyl chain remodelling of PS / protein localization to nuclear pore / phospholipid transporter activity / cortical endoplasmic reticulum / phospholipid transport / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / triglyceride homeostasis / cholesterol binding ...phosphatidylserine acyl-chain remodeling / phosphatidylserine transfer activity / Acyl chain remodelling of PS / protein localization to nuclear pore / phospholipid transporter activity / cortical endoplasmic reticulum / phospholipid transport / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / triglyceride homeostasis / cholesterol binding / phosphatidylserine binding / fat cell differentiation / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / positive regulation of D-glucose import / nuclear membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxysterol-binding protein-related protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Eisenreichova, A. / Klima, M. / Boura, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cells / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of the ORP8 Lipid Transport ORD Domain: Model of Lipid Transport.
著者: Eisenreichova, A. / Klima, M. / Anila, M.M. / Koukalova, A. / Humpolickova, J. / Rozycki, B. / Boura, E.
履歴
登録2023年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterol-binding protein-related protein 8
B: Oxysterol-binding protein-related protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6022
ポリマ－88,6022
非ポリマー00
水00
1
A: Oxysterol-binding protein-related protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3011
ポリマ－44,3011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxysterol-binding protein-related protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3011
ポリマ－44,3011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.610, 190.240, 58.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Oxysterol-binding protein-related protein 8 / ORP-8 / OSBP-related protein 8


分子量: 44300.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSBPL8, KIAA1451, ORP8, OSBP10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZF1

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 20.000, 100 mM HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→47.56 Å / Num. obs: 38965 / % possible obs: 52.87 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 34.29 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2847 / Rpim(I) all: 0.08174 / Rrim(I) all: 0.2964 / Net I/σ(I): 9.52
反射 シェル解像度: 2.56→2.652 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 4.747 / Mean I/σ(I) obs: 0.51 / Num. unique obs: 130 / CC1/2: 0.495 / CC star: 0.814 / Rpim(I) all: 1.398 / Rrim(I) all: 4.952 / % possible all: 3.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSxdsapp v2.0データ削減
XDSxdsapp v2.0データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.7モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.56→47.56 Å / SU ML: 0.2924 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.5722
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2507 1016 4.92 %random selection
Rwork0.219 19615 --
obs0.2206 20631 52.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→47.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5597 0 0 0 5597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00325760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58617817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462831
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.55332083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.690.4031120.3737219X-RAY DIFFRACTION4.21
2.69-2.860.3458240.3747630X-RAY DIFFRACTION11.96
2.86-3.080.2889570.33071281X-RAY DIFFRACTION24.22
3.08-3.390.33711350.28582557X-RAY DIFFRACTION48.77
3.39-3.880.27762140.22924089X-RAY DIFFRACTION76.89
3.88-4.890.22382810.19295303X-RAY DIFFRACTION99.27
4.89-47.560.22742930.19885536X-RAY DIFFRACTION99.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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