[日本語] English
万見
- PDB-8p6s: Arabidopsis thaliana DGD2 in complex with UDP-galactose -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p6s
タイトルArabidopsis thaliana DGD2 in complex with UDP-galactose
要素Digalactosyldiacylglycerol synthase 2, chloroplastic
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


digalactosyldiacylglycerol synthase / digalactosyldiacylglycerol synthase activity / chloroplast outer membrane / UDP-galactosyltransferase activity / glycolipid biosynthetic process / UDP-glycosyltransferase activity / cellular response to phosphate starvation
類似検索 - 分子機能
Digalactosyldiacylglycerol synthase 1/2 / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1
類似検索 - ドメイン・相同性
GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Digalactosyldiacylglycerol synthase 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Scaletti, E.R. / Martinez-Carranza, M. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure and membrane interactions of Arabidopsis thaliana DGD2, a glycosyltransferase in the chloroplast membrane.
著者: Scaletti Hutchinson, E. / Martinez-Carranza, M. / Fu, B. / Maler, L. / Stenmark, P.
履歴
登録2023年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Digalactosyldiacylglycerol synthase 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2272
ポリマ－47,6601
非ポリマー5661
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.032, 44.032, 368.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Digalactosyldiacylglycerol synthase 2, chloroplastic


分子量: 47660.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DGD2, At4g00550, F6N23.24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8W1S1, digalactosyldiacylglycerol synthase
#2: 化合物 ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE / UDP-ガラクト-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M bicine/Trizma base pH 8.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02M 1,3-Propanediol, 0.02M 1,4-Butanediol, 0.02M 1,6-Hexanediol, 0.02M 1-Butanol, 0.02M 2-Propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→92.29 Å / Num. obs: 22546 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 58 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 1576 / CC1/2: 0.488

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→92.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 13.236 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25658 1154 5.2 %RANDOM
Rwork0.20325 ---
obs0.2061 21090 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20 Å2
2--0.86 Å2-0 Å2
3----1.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→92.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2937 0 36 60 3033
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0123044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2111.6534144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7051.5726472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3435373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.625515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.49910488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3243.3361501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3253.3361501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8085.9671871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8095.9681872
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0323.7091543
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.0363.7111544
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2726.612274
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.8133.983412
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.80233.983409
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 75 -
Rwork0.294 1327 -
obs--88.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.948 Å / Origin y: -4.075 Å / Origin z: 25.246 Å
111213212223313233
T0.091 Å2-0.0039 Å2-0.0287 Å2-0.0269 Å2-0.0094 Å2--0.0886 Å2
L2.2251 °20.3648 °2-0.667 °2-2.4841 °2-0.3708 °2--2.7307 °2
S-0.0584 Å °0.2311 Å °-0.0699 Å °-0.3984 Å °-0.0128 Å °0.0392 Å °0.2732 Å °-0.1315 Å °0.0712 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る