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- PDB-8p6q: Racemic structure of TNFR1 cysteine-rich domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p6q
タイトルRacemic structure of TNFR1 cysteine-rich domain
要素
  • D-TNFR-1 CRD2
  • Tumor necrosis factor-binding protein 1
キーワードCYTOKINE / Racemic / Chemical Synthesis / Cysteine-rich / Cytokine Receptor / Receptor Mimic
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amide metabolic process / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / regulation of membrane lipid metabolic process / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / TNFs bind their physiological receptors ...positive regulation of amide metabolic process / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / regulation of membrane lipid metabolic process / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / TNF signaling / regulation of establishment of endothelial barrier / TNFR1-mediated ceramide production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / prostaglandin metabolic process / Interleukin-10 signaling / positive regulation of execution phase of apoptosis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / protein localization to plasma membrane / Regulation of TNFR1 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription by RNA polymerase II / receptor complex / defense response to bacterium / inflammatory response / membrane raft / Golgi membrane / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 1A / Tumor necrosis factor receptor 1A, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 1A, death domain / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. ...Tumour necrosis factor receptor 1A / Tumor necrosis factor receptor 1A, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 1A, death domain / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lander, A.J. / Jin, Y. / Luk, L.Y.P.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council2107414 英国
Wellcome Trust218568/Z/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T015799/1 英国
引用ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2024
タイトル: Deciphering the Synthetic and Refolding Strategy of a Cysteine-Rich Domain in the Tumor Necrosis Factor Receptor (TNF-R) for Racemic Crystallography Analysis and d-Peptide Ligand Discovery.
著者: Lander, A.J. / Kong, Y. / Jin, Y. / Wu, C. / Luk, L.Y.P.
履歴
登録2023年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor-binding protein 1
B: D-TNFR-1 CRD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,56011
ポリマ－10,6952
非ポリマー8659
水2,162120
1
A: Tumor necrosis factor-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1189
ポリマ－5,3491
非ポリマー7698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-TNFR-1 CRD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4422
ポリマ－5,3461
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)20.420, 50.490, 46.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Tumor necrosis factor-binding protein 1 / TBPI


分子量: 5349.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19438
#2: Polypeptide(D) D-TNFR-1 CRD2


分子量: 5346.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 250 nL of DL-TNFR-1 CRD2 (25 mg/mL) and 250 nL of precipitant (1.5 M Sodium chloride, 10% v/v ethanol, pH 8.5) were mixed in the sitting drop. The single, block shaped crystal was dipped into ...詳細: 250 nL of DL-TNFR-1 CRD2 (25 mg/mL) and 250 nL of precipitant (1.5 M Sodium chloride, 10% v/v ethanol, pH 8.5) were mixed in the sitting drop. The single, block shaped crystal was dipped into 2.0 M lithium sulfate and flash frozen in liquid nitrogen during harvesting.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.6767 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6767 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→34.06 Å / Num. obs: 18553 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.01 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 898 / CC1/2: 0.785 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→34.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.752 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25144 943 5.1 %
Rwork0.20022 --
obs0.20274 17590 99.98 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å2-0 Å20.11 Å2
2---0.48 Å2-0 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→34.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数738 0 45 120 903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.012847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.017717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.6431141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6541.5951656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.42596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.6757.7789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.45410147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0411.38390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0261.379390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3992.502484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3982.502485
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4411.714457
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2331.646422
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6932.907604
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.70524.03976
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.23122.15942
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.39531564
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 61 -
Rwork0.29 1317 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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