+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p65 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cytochrome bc1 complex (Bos taurus) | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Electron Transport Chain / Complex III / Respiratory Complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / : / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane ...Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / : / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Phillips, B.P. / Barra, I.M.C.C. / Meier, T.K. / Rimle, L. / von Ballmoos, C. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cytochrome bc1 complex (Bos taurus) 著者: Phillips, B.P. / Barra, I.M.C.C. / Meier, T.K. / Rimle, L. / von Ballmoos, C. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 828.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 677.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 122.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 185.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17461MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 9種, 18分子 ANBOERFSGTHUIVJWKX
#1: タンパク質 | 分子量: 49266.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 46576.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 21640.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 13502.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 9737.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 9189.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 5497.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 7469.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5705.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-タンパク質 , 2種, 4分子 CPDQ
#3: タンパク質 | 分子量: 42620.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 27323.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
#12: 化合物 | ChemComp-HEM / #13: 化合物 | #14: 化合物 | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Cytochrome bc1 complex (bos taurus) / タイプ: COMPLEX 詳細: Cytochrome bc1 complex purified natively from bovine heart tissue Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 値: 0.486 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Monodisperse sample was purified un-tagged from bovine heart tissue and reconstituted into peptidiscs before freezing. |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot time of 4s with blot force of -3 |
-
電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
---|---|
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 85000 X / 倍率(補正後): 85000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 90.5 K / 最低温度: 80 K / Residual tilt: 10 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 3947 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / 詳細: Tuned using TFS Sherpa Software / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV / 位相板: OTHER |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 1.416 µm / 横: 4000 / 縦: 4000 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | 詳細: CryoSPARC's own CTF correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 154469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140138 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: FSC calculated in PDB server. / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 96.9 / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6FO2 Accession code: 6FO2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |