PDB-8p64: Co-crystal structure of PD-L1 with low molecular weight inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p64

タイトル

Co-crystal structure of PD-L1 with low molecular weight inhibitor

要素

Programmed cell death 1 ligand 1

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / PD-L1 / inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.312 Å

データ登録者

Plewka, J. / Magiera-Mularz, K. / van der Straat, R. / Draijer, R. / Surmiak, E. / Butera, R. / Land, L. / Musielak, B. / Domling, A.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2024
タイトル: 1,5-Disubstituted tetrazoles as PD-1/PD-L1 antagonists.
著者: van der Straat, R. / Draijer, R. / Surmiak, E. / Butera, R. / Land, L. / Magiera-Mularz, K. / Musielak, B. / Plewka, J. / Holak, T.A. / Domling, A.

履歴

登録	2023年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p64.cif.gz	104.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p64.ent.gz	77.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (4) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (3) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (4)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (2)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Programmed cell death 1 ligand 1

B: Programmed cell death 1 ligand 1

ヘテロ分子

30.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.450, 73.450, 96.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 119 / Label seq-ID: 4 - 119

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 / PD-L1 / PDCD1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1 分子量: 14954.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物	ChemComp-X1Q / ~{N}-[[1-[(~{E})-2-(2-methyl-3-phenyl-phenyl)ethenyl]-1,2,3,4-tetrazol-5-yl]methyl]ethanamine 分子量: 319.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.2 M S38 sodium citrate tribasic dihydrate 0.01 M sodium borate, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.31→48.04 Å / Num. obs: 4743 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.55 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.39
反射シェル	解像度: 3.31→3.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 743 / CC_1/2: 0.423

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.312→38.336 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 39.532 / SU ML: 0.603 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.631 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2971	224	4.723 %
R_work	0.2343	4519	-
all	0.237	-	-
obs	-	4743	99.853 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.907 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.052 Å²	-0.026 Å²	0 Å²
2-	-	-0.052 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.169 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.312→38.336 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1765	0	24	10	1799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0	0.01	7486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.744	1.645	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.803	1.564	3827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.334	5	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.027	7.5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.785	10	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.618	10	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.236	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	872
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.308	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.365	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.262	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.323	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.315	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.951	10.71	938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.951	10.71	938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.053	19.236	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.049	19.242	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.747	10.916	884
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.745	10.916	885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.814	20.002	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.81	20.001	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.117	174.364	7635
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	17.116	174.352	7636
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.151	0.05	3254

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15079	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15079	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.312-3.397	0.415	13	0.374	329	0.375	342	0.778	0.871	100	0.361
3.397-3.489	0.423	13	0.37	321	0.372	335	0.887	0.879	99.7015	0.358
3.489-3.59	0.329	14	0.326	303	0.326	317	0.938	0.907	100	0.317
3.59-3.699	0.464	12	0.32	300	0.326	312	0.904	0.919	100	0.298
3.699-3.819	0.325	12	0.273	297	0.276	309	0.919	0.944	100	0.233
3.819-3.952	0.286	22	0.249	271	0.251	293	0.951	0.951	100	0.226
3.952-4.1	0.299	11	0.239	280	0.242	291	0.948	0.958	100	0.204
4.1-4.265	0.303	24	0.203	248	0.211	272	0.93	0.972	100	0.182
4.265-4.452	0.196	10	0.199	249	0.199	259	0.954	0.974	100	0.167
4.452-4.666	0.331	8	0.189	254	0.193	262	0.981	0.975	100	0.158
4.666-4.915	0.223	8	0.169	234	0.171	242	0.966	0.983	100	0.145
4.915-5.207	0.188	9	0.181	216	0.182	225	0.977	0.974	100	0.156
5.207-5.56	0.264	23	0.184	205	0.191	229	0.947	0.978	99.5633	0.151
5.56-5.995	0.3	11	0.22	190	0.224	201	0.952	0.964	100	0.189
5.995-6.551	0.373	7	0.237	188	0.242	196	0.969	0.96	99.4898	0.192
6.551-7.297	0.38	8	0.242	170	0.248	178	0.912	0.956	100	0.216
7.297-8.376	0.325	10	0.203	142	0.211	152	0.947	0.968	100	0.18
8.376-10.138	0.188	4	0.188	136	0.188	140	0.994	0.976	100	0.183
10.138-13.861	0.434	4	0.221	107	0.226	111	0.806	0.978	100	0.211
13.861-38.336	0.426	1	0.463	79	0.462	81		0.85	98.7654	0.433

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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