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- PDB-8p5q: Structure of an ALOG domain from Arabidopsis thaliana in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p5q
タイトルStructure of an ALOG domain from Arabidopsis thaliana in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*T)-3')
  • Protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription factor / ALOG domain / Arabidopsis thaliana / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


organ boundary specification between lateral organs and the meristem / petal development / specification of petal number / post-embryonic plant morphogenesis / maintenance of shoot apical meristem identity / mRNA transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ALOG domain / ALOG family / ALOG domain / ALOG domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Zubieta, C. / Nanao, M.H. / Rieu, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: The ALOG domain defines a family of plant-specific transcription factors acting during Arabidopsis flower development.
著者: Rieu, P. / Beretta, V.M. / Caselli, F. / Thevenon, E. / Lucas, J. / Rizk, M. / Franchini, E. / Caporali, E. / Paleni, C. / Nanao, M.H. / Kater, M.M. / Dumas, R. / Zubieta, C. / Parcy, F. / Gregis, V.
履歴
登録2023年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 3
B: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5846
ポリマ－25,3273
非ポリマー2583
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.798, 79.798, 127.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 3 / Protein ORGAN BOUNDARY 1


分子量: 14914.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LSH3, OBO1, At2g31160, T16B12.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O82268

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*A)-3')


分子量: 5188.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*T)-3')


分子量: 5223.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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非ポリマー , 3種, 54分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.6M Ammonium sulfate, 0.1 M Hepes, 0.1M NaCl / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→67.57 Å / Num. obs: 43011 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 7 % / Num. unique obs: 3138 / CC1/2: 0.325 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4459: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14→49.69 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 2119 4.93 %
Rwork0.2138 --
obs0.2156 43003 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1046 690 11 51 1798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5372675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.567752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.190.42851240.40762707X-RAY DIFFRACTION99
2.19-2.250.36151360.36092707X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.310.3541250.32622784X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.380.2691390.28612720X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.450.36091480.26962717X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.540.29611680.26742702X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.640.31581390.27312737X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.760.37191440.30092722X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.910.31371500.28222731X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.090.32551430.27772734X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.330.27011450.24452713X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.660.28071450.23562706X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.190.2231520.18272726X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.280.20461240.16632738X-RAY DIFFRACTION100
5.28-49.690.18921370.16952740X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.8606 Å / Origin y: 18.5962 Å / Origin z: 14.2126 Å
111213212223313233
T0.3779 Å2-0.0163 Å20.0344 Å2-0.5292 Å2-0.0732 Å2--0.2911 Å2
L2.7159 °2-0.0189 °20.065 °2-2.2841 °20.3585 °2--3.8744 °2
S-0.0806 Å °-0.2554 Å °0.239 Å °0.1834 Å °-0.1275 Å °0.2591 Å °-0.1153 Å °-0.4932 Å °0.1455 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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