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- PDB-8p5p: Structure of TECPR1 N-terminal DysF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p5p
タイトルStructure of TECPR1 N-terminal DysF domain
要素Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Sphingomyelin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of autophagosome maturation / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / autophagosome membrane / autophagosome maturation / macroautophagy / autophagy / cytoplasmic vesicle / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / protein-containing complex / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxin domain / Integral peroxisomal membrane peroxin / Propeller / : / Tectonin domain / Beta-propeller repeat TECPR / Beta propeller repeats in Physarum polycephalum tectonins, Limulus lectin L-6 and animal hypothetical proteins. / Peroxin/Ferlin domain / Dysferlin domain, N-terminal region. / Dysferlin domain, C-terminal region. / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Boyle, K.B. / Elliott, P.R. / Randow, F.
資金援助 カナダ, 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, Canada)U105170648 カナダ
Wellcome Trust222503/Z/21/Z 英国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2023
タイトル: TECPR1 conjugates LC3 to damaged endomembranes upon detection of sphingomyelin exposure.
著者: Boyle, K.B. / Ellison, C.J. / Elliott, P.R. / Schuschnig, M. / Grimes, K. / Dionne, M.S. / Sasakawa, C. / Munro, S. / Martens, S. / Randow, F.
履歴
登録2023年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / diffrn_source / pdbx_validate_planes
Item: _citation.journal_volume / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1
B: Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1
C: Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4445
ポリマ－42,2603
非ポリマー1842
水5,477304
1
A: Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0871
ポリマ－14,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0871
ポリマ－14,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2713
ポリマ－14,0871
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.715, 75.715, 122.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Tectonin beta-propeller repeat-containing protein 1


分子量: 14086.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TECPR1, KIAA1358 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6L1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% (w/v) PEG 6,000 100 mM LiCl 100 mM HEPES pH 75.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2004年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.83 Å / Num. obs: 31384 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2039 / CC1/2: 0.762

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44.83 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 1601 5.11 %
Rwork0.1661 --
obs0.1681 31331 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2787 0 12 304 3103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0743928
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.183439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.023495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.960.27511480.21692681X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.030.22791560.19692690X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.110.23731720.17792682X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.210.21681430.17962674X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.330.22621340.16282722X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.470.19461650.16192675X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.660.22131460.16452701X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.930.22771340.18472726X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.350.19151270.15812712X-RAY DIFFRACTION100
3.35-4.220.18731280.14752744X-RAY DIFFRACTION100
4.22-44.830.19881480.16432723X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.046-0.3217-0.62252.85191.8183.79810.12880.0208-0.0840.1289-0.0658-0.39080.14260.1598-0.02540.18290.02530.00360.13750.05160.32682.869854.045112.2154
24.07180.52990.08351.0307-0.12381.8401-0.0525-0.0560.11680.02380.0758-0.12620.04170.3814-0.0340.18250.07380.05410.35950.05870.20245.599171.3935-1.0086
32.6347-0.0817-0.05442.8074-1.87535.4442-0.0196-0.0901-0.01090.09380.23990.3251-0.0085-0.7698-0.13250.14490.01670.00240.27090.04960.1269-30.804266.22479.8729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 64 through 170)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 66 through 170)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 64 through 169)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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