PDB-8p5f: Human wild-type GAPDH,orthorhombic form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p5f

タイトル

Human wild-type GAPDH,orthorhombic form

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GLYCOLYTIC / ROSSMAN FOLD / NAD-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / negative regulation of endopeptidase activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / killing by host of symbiont cells / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / Glycolysis / GAIT complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Samygina, V.R. / Muronetz, V.I. / Schmalhausen, E.V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2023
タイトル: S-nitrosylation and S-glutathionylation of GAPDH: Similarities, differences, and relationships.
著者: Medvedeva, M.V. / Kleimenov, S.Y. / Samygina, V.R. / Muronetz, V.I. / Schmalhausen, E.V.

履歴

登録	2023年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p5f.cif.gz	290.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p5f.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p5f_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p5f_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8p5f_validation.xml.gz	56 KB	表示
CIF形式データ	8p5f_validation.cif.gz	79.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

DDD: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

EEE: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

GGG: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.822, 132.812, 146.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH / Peptidyl-cysteine S-nitrosylase GAPDH 分子量: 36131.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAPDH, GAPD, CDABP0047, OK/SW-cl.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P04406, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating), 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: counter-diffusion 詳細: 20% (w/v) PEG6000, 0.1 M sodium acetate, 0.01 M ZnCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 141893 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / Num. unique obs: 6988 / CC_1/2: 0.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.82→14.995 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 2.444 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1886	6994	4.941 %
R_work	0.1597	134558	-
all	0.161	-	-
obs	-	141552	99.772 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.885 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.012 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→14.995 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10105	0	182	755	11042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	10549
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.726	1.64	14306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.487	1.581	22697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.041	5	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.098	23.348	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.975	15	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.203	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	11827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	9165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	5068
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	4558
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	586
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.62	4.078	5342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.61	4.077	5341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.568	6.101	6673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.568	6.102	6674
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.658	4.542	5205
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.658	4.542	5206
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.758	6.592	7629
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.758	6.593	7630
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.928	48.724	11433
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.906	48.55	11350

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.867	0.258	489	0.239	9732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.867-1.917	0.248	505	0.219	9460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.917-1.971	0.239	511	0.202	9240	X-RAY DIFFRACTION	100
1.971-2.031	0.221	493	0.184	8929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.031-2.096	0.224	412	0.186	8786	X-RAY DIFFRACTION	99.9674
2.096-2.168	0.216	424	0.171	8405	X-RAY DIFFRACTION	99.966
2.168-2.249	0.203	365	0.16	8267	X-RAY DIFFRACTION	99.9421
2.249-2.338	0.209	437	0.165	7783	X-RAY DIFFRACTION	99.9757
2.338-2.439	0.205	411	0.161	7565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.439-2.555	0.195	389	0.16	7247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.555-2.689	0.202	348	0.16	6934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.689-2.846	0.205	341	0.166	6543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.846-3.035	0.18	335	0.156	6173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.035-3.267	0.184	323	0.167	5780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.267-3.562	0.202	251	0.171	5392	X-RAY DIFFRACTION	100
3.562-3.955	0.194	255	0.161	4910	X-RAY DIFFRACTION	100
3.955-4.515	0.149	229	0.13	4386	X-RAY DIFFRACTION	100
4.515-5.408	0.149	189	0.13	3815	X-RAY DIFFRACTION	100
5.408-7.194	0.197	169	0.166	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
7.194-14.995	0.157	115	0.148	2104	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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