PDB-8p59: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p59

タイトル

Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound QUI-SV-333

要素

Chemotaxis protein CheA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / inhibitor / Transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / chemotaxis / protein domain specific binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Adhav, A. / Marina, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound QUI-SV-333
著者: Adhav, A. / Marina, A.

履歴

登録	2023年5月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p59.cif.gz	356.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p59.ent.gz	220.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p59	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Chemotaxis protein CheA

B: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.824, 59.087, 65.929
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.418, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 5 - 189 / Label seq-ID: 5 - 189

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Chemotaxis protein CheA 分子量: 21079.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: cheA, TM_0702 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56310, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-WZF / 7-(2-phenylethoxy)quinazolin-2-amine 分子量: 265.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₅N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.24 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91263 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91263 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→65.38 Å / Num. obs: 28644 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.023 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.8→1.847 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Num. unique obs: 1963 / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.066

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→65.377 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 5.596 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2304	1447	5.055 %
R_work	0.1809	27180	-
all	0.183	-	-
obs	-	28627	98.867 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.394 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.521 Å²	0 Å²	-0.003 Å²
2-	-	0.056 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.451 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→65.377 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2685	0	40	162	2887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.963	1.644	3709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.637	1.577	6352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.631	5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.067	6.429	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.073	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.843	10	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.737	10	121
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	573
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.388	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.282	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.354	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.374	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.031	1.272	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.03	1.272	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.913	2.265	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.912	2.266	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.035	1.877	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.035	1.877	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.101	3.175	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.1	3.178	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	26.52	74.946	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	26.595	74.767	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.117	0.05	5216

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11697	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11697	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.259	119	0.189	1963	0.193	2131	0.961	0.98	97.7006	0.175
1.847-1.897	0.222	103	0.181	1921	0.184	2051	0.97	0.981	98.6836	0.174
1.897-1.952	0.291	105	0.185	1914	0.19	2049	0.955	0.98	98.5359	0.18
1.952-2.012	0.209	87	0.173	1827	0.175	1938	0.975	0.982	98.7616	0.171
2.012-2.078	0.233	100	0.18	1770	0.183	1899	0.968	0.981	98.4729	0.179
2.078-2.151	0.249	81	0.188	1742	0.191	1847	0.96	0.979	98.7006	0.189
2.151-2.232	0.235	95	0.177	1643	0.18	1763	0.967	0.981	98.582	0.181
2.232-2.323	0.259	89	0.179	1605	0.183	1711	0.959	0.981	99.0064	0.184
2.323-2.427	0.296	86	0.173	1531	0.179	1643	0.949	0.981	98.4175	0.181
2.427-2.545	0.214	74	0.171	1500	0.173	1589	0.975	0.982	99.056	0.18
2.545-2.682	0.243	64	0.18	1415	0.183	1489	0.967	0.98	99.3284	0.191
2.682-2.845	0.228	65	0.182	1334	0.184	1408	0.959	0.979	99.3608	0.198
2.845-3.041	0.28	88	0.205	1239	0.21	1331	0.956	0.974	99.6995	0.224
3.041-3.284	0.227	64	0.2	1183	0.201	1252	0.97	0.975	99.6006	0.221
3.284-3.596	0.235	55	0.196	1077	0.198	1139	0.966	0.979	99.3854	0.219
3.596-4.019	0.216	47	0.163	992	0.165	1043	0.973	0.984	99.6165	0.19
4.019-4.638	0.135	47	0.139	869	0.139	918	0.989	0.989	99.7821	0.168
4.638-5.673	0.187	35	0.178	743	0.178	781	0.983	0.984	99.6159	0.219
5.673-7.993	0.186	25	0.212	587	0.211	619	0.967	0.976	98.8691	0.255
7.993-65.377	0.258	18	0.205	325	0.207	354	0.966	0.975	96.8927	0.259

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5382	0.1109	-0.0614	0.4222	-0.1093	0.0849	0.014	-0.0151	0.0064	0.0028	-0.0079	-0.0133	0.0091	0.0287	-0.0061	0.0053	0.0023	0.0051	0.0162	-0.0106	0.018	1.1759	-5.2745	7.5163
2	0.4609	-0.3173	-0.3531	0.5654	0.3219	1.3574	-0.0195	0.0033	-0.0253	0.0014	0.0117	-0.0393	0.0143	-0.0294	0.0079	0.0019	0.0016	0.0031	0.0099	-0.0017	0.0116	10.658	-11.4602	38.3784

精密化 TLSグループ

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