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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p53 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the c-di-GMP-free FleQ-FleN master regulator complex of P. aeruginosa | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / Pseudomonas aeruginosa / biofilm / c-di-GMP / transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / negative regulation of cell division / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / negative regulation of extracellular matrix assembly / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex ...positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / negative regulation of cell division / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / negative regulation of extracellular matrix assembly / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / cytoplasmic side of plasma membrane / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Torres-Sanchez, L. / Krasteva, P.V. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structures of the FleQ-FleN master regulators reveal large-scale conformational switching in motility and biofilm control. 著者: Lucía Torres-Sánchez / Thibault Géry Sana / Marion Decossas / Yaser Hashem / Petya Violinova Krasteva / 要旨: can cause a wide array of chronic and acute infections associated with its ability to rapidly switch between planktonic, biofilm, and dispersed lifestyles, each with a specific arsenal for bacterial ... can cause a wide array of chronic and acute infections associated with its ability to rapidly switch between planktonic, biofilm, and dispersed lifestyles, each with a specific arsenal for bacterial survival and virulence. At the cellular level, many of the physiological transitions are orchestrated by the intracellular second messenger c-di-GMP and its receptor-effector FleQ. A bacterial enhancer binding protein, FleQ acts as a master regulator of both flagellar motility and adherence factor secretion and uses remarkably different transcription activation mechanisms depending on its dinucleotide loading state, adenosine triphosphatase (ATPase) activity, interactions with polymerase sigma (σ) factors, and complexation with a second ATPase, FleN. How the FleQ-FleN tandem can exert diverse effects through recognition of a conserved FleQ binding consensus has remained enigmatic. Here, we provide cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of both c-di-GMP-bound and c-di-GMP-free FleQ-FleN complexes which deepen our understanding of the proteins' (di)nucleotide-dependent conformational switching and fine-tuned roles in gene expression regulation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p53.cif.gz | 408.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p53.ent.gz | 328.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p53.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/8p53 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 17445MC 8pb9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33236.332 Da / 分子数: 2 / 変異: FleN D48A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: P. aeruginosa FleN D48A 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: fleN, PA1454 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD64 #2: タンパク質 | 分子量: 55494.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ...詳細: MGSWRETKLLLIDDNLDRSRDLAVILNFLGEDQLTCNSEDWREVAAGLSNSREALCVLLGSVESKGGAVELLKQLASWDEYLPILLIGEPAPADWPEELRRRVLASLEMPPSYNKLLDSLHRAQVYREMYDQARERGRSREPNLFRSLVGTSRAIQQVRQMMQQVADTDASVLILGESGTGKEVVARNLHYHSKRREGPFVPVNCGAIPAELLESELFGHEKGAFTGAITSRAGRFELANGGTLFLDEIGDMPLPMQVKLLRVLQERTFERVGSNKTQNVDVRIIAATHKNLEKMIEDGTFREDLYYRLNVFPIEMAPLRERVEDIALLLNELISRMEHEKRGSIRFNSAAIMSLCRHDWPGNVRELANLVERLAIMHPYGVIGVGELPKKFRHVDDEDEQLASSLREELEERAAINAGLPGMDAPAMLPAEGLDLKDYLANLEQGLIQQALDDAGGVVARAAERLRIRRTTLVEKMRKYGMSRRDDDLSDD 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: fleQ, PA1097 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XCV0 #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: C-di-GMP-free FleQ-FleN complex / タイプ: COMPLEX 詳細: Full-length FleQ co-purified with His-tagged FleN D48A Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.288 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM HEPES pH 8.0, 250mM NaCl, 2mM MgCl2, and 2% glycerol |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 51.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 21233 / 詳細: 17099 micrographs retained for processing |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Gctf software / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4124200 / 詳細: 404 228 particles retained for refinement | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 404228 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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