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万見
- PDB-8p4t: The spike complex of the Lujo Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p4t
タイトルThe spike complex of the Lujo Virus
要素(Glycoprotein) x 3
キーワードVIRAL PROTEIN / Spike complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mammarenavirus lujoense (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Eilon-Ashkenazy, M. / Diskin, R.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation209/20 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The structure of the Lujo virus spike complex.
著者: Maayan Eilon-Ashkenazy / Hadas Cohen-Dvashi / Sarah Borni / Ron Shaked / Rivka Calinsky / Yaakov Levy / Ron Diskin /
要旨: Lujo virus (LUJV) is a human pathogen that was the cause of a deadly hemorrhagic fever outbreak in Africa. LUJV is a divergent member of the Arenaviridae with some similarities to both the "Old ...Lujo virus (LUJV) is a human pathogen that was the cause of a deadly hemorrhagic fever outbreak in Africa. LUJV is a divergent member of the Arenaviridae with some similarities to both the "Old World" and "New World" serogroups, but it uses a cell-entry receptor, neuropilin-2 (NRP2), that is distinct from the receptors of OW and NW viruses. Though the receptor binding domain of LUJV has been characterized structurally, the overall organization of the trimeric spike complex and how NRP2 is recognized in this context were unknown. Here, we present the structure of the membrane-embedded LUJV spike complex determined by cryo-electron microscopy. Analysis of the structure suggested that a single NRP2 molecule is bound at the apex of the trimeric spike and that multiple subunits of the trimer contact the receptor. The binding of NRP2 involves an intriguing arginine-methionine interaction, which we analyzed using quantum mechanical modeling methods. We compare the LUJV spike structure with the only other available structure of a complete arenaviral spike, which is the Lassa virus. The similarities and differences between them shed light on Arenavirus evolution, inform vaccine design, and provide information that will be useful in combating future Arenavirus outbreaks.
履歴
登録2023年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein
a: Glycoprotein
SA: Glycoprotein
B: Glycoprotein
C: Glycoprotein
SB: Glycoprotein
SC: Glycoprotein
b: Glycoprotein
c: Glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,69340
ポリマ－161,3629
非ポリマー12,33131
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_1ens_2chain "SC"
d_2ens_2chain "SB"
d_3ens_2chain "SA"
d_1ens_3chain "a"
d_2ens_3chain "b"
d_3ens_3chain "c"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.503139094725, -0.864204933257, -0.000940581411724), (0.864205437873, -0.503138651647, -0.000677030819402), (0.000111850510836, -0.00115349624435, 0.999999328468)249.717730982, 67.478983415, 0.0419937349826
2given(-0.495427261841, 0.868648853484, -0.000998781865525), (-0.868644754208, -0.495428040579, -0.00271064493871), (-0.00284942316082, -0.000475340771724, 0.999995827411)66.0899676023, 249.597618851, 0.407836228529
3given(-0.472970487685, 0.880581217771, 0.0295911589504), (-0.880883484378, -0.471892991556, -0.0368956836291), (-0.0185257854999, -0.0435169326826, 0.998880909739)58.1426103124, 252.763808855, 7.84855022776
4given(-0.47463284116, -0.880085993686, -0.013126683129), (0.880131447188, -0.474714568211, 0.0038359353347), (-0.00960738067439, -0.00973254573272, 0.999906483522)250.253597098, 61.8385331765, 2.39626392898
5given(-0.499280602055, -0.866431269272, -0.00396686774613), (0.866408513392, -0.499296271497, 0.00628658811179), (-0.00742753879225, -0.000298156489422, 0.999972371003)249.912577658, 66.1291408743, 0.613103617969
6given(-0.497045993223, 0.867723756962, -0.000873055144786), (-0.867719104823, -0.497046271906, -0.00292552720047), (-0.00297249825837, -0.00069655494436, 0.999995339522)66.5123571491, 249.768026286, 0.264449384506

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 9分子 ABCabcSASBSC

#1: タンパク質 Glycoprotein


分子量: 19017.572 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammarenavirus lujoense (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C5ILC1
#2: タンパク質 Glycoprotein


分子量: 28267.627 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammarenavirus lujoense (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C5ILC1
#3: タンパク質 Glycoprotein


分子量: 6501.998 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammarenavirus lujoense (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C5ILC1

-
糖 , 4種, 30分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 1分子

#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Spike complex from the Lujo virus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Lujo mammarenavirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 41 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87868 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 39.37 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002410164
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.540613722
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03951758
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00321617
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.75272184
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.25153988538E-12
ens_1d_3AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.13706252216E-11
ens_2d_2GSCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.10920614427E-10
ens_2d_3GSCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.07828070919E-13
ens_3d_2BaELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.07173037023E-13
ens_3d_3BaELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.98113457944E-11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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