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Yorodumi- PDB-8p4g: Crystal structure of a multicopper oxidase 3F3 variant from Pyrob... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8p4g | ||||||
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Title | Crystal structure of a multicopper oxidase 3F3 variant from Pyrobaculum aerophilum | ||||||
Components | Multicopper oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / hyperthermophiles / metallo-oxidases / laccases / enzyme engineering / biocatalysis | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pyrobaculum aerophilum str. IM2 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.59 Å | ||||||
Authors | Borges, P.T. / Brissos, V. / Frazao, C. / Martins, L.O. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Inorg.Chem. / Year: 2024 Title: Flexible active-site loops fine-tune substrate specificity of hyperthermophilic metallo-oxidases. Authors: Brissos, V. / Borges, P.T. / Sancho, F. / Lucas, M.F. / Frazao, C. / Conzuelo, F. / Martins, L.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8p4g.cif.gz | 349.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8p4g.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8p4g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8p4g_validation.pdf.gz | 4.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8p4g_full_validation.pdf.gz | 4.1 MB | Display | |
Data in XML | 8p4g_validation.xml.gz | 31.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8p4g_validation.cif.gz | 44 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/8p4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/8p4g | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48797.867 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrobaculum aerophilum str. IM2 (archaea) Gene: PAE1888 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8ZWA8 #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES pH 7.5, and 2 % (v/v) PEG 400. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 11, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.59→73.45 Å / Num. obs: 32726 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 5.5 % / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 7.48 |
Reflection shell | Resolution: 2.59→2.69 Å / Num. unique obs: 5178 / CC1/2: 0.322 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.59→73.45 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→73.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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