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- PDB-8p43: Structure of the MHC class Ib molecule Qa-1b in complex with Q001... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p43
タイトルStructure of the MHC class Ib molecule Qa-1b in complex with Q001 peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, Qa-1b
  • Q001 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC-I Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Sala, B.M. / Achour, A.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Cancerfondengrant 21 1605 Pj01H スウェーデン
Swedish Research Councilgrant 2021 05061 スウェーデン
Other governmentgrant 10399
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MHC-E is a convergent checkpoint ligand for LILRB1 on macrophages and during inflammation for NKG2A on lymphocytes
著者: Middelburg, J. / Ghaffari, S. / Schoufour, T. / Sluijter, M. / Schaap, G. / Goynuk, B. / Sala, B.M. / Al-Tamimi, L. / Scheeren, F. / Franken, K.L.M.C. / Joosten, S. / Derksen, I. / Neefjes, J. ...著者: Middelburg, J. / Ghaffari, S. / Schoufour, T. / Sluijter, M. / Schaap, G. / Goynuk, B. / Sala, B.M. / Al-Tamimi, L. / Scheeren, F. / Franken, K.L.M.C. / Joosten, S. / Derksen, I. / Neefjes, J. / van der Burg, S. / Achour, A. / Wijdeven, R.H.M. / Weidanz, J. / van Hall, T.
履歴
登録2023年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, Qa-1b
B: Beta-2-microglobulin
P: Q001 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5509
ポリマ－45,1973
非ポリマー3526
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area19380 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.560, 72.797, 96.515
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, Qa-1b


分子量: 32346.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド Q001 peptide


分子量: 1015.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8% PEG4000, 0.1M sodium acetate (pH 5.7) and 10 mM NiCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50.69 Å / Num. obs: 16416 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 42.52 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0337 / Rpim(I) all: 0.0337 / Rrim(I) all: 0.04766 / Net I/σ(I): 13.23
反射 シェル解像度: 2.43→2.517 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2549 / Num. unique obs: 1605 / CC1/2: 0.895 / CC star: 0.972 / Rpim(I) all: 0.2549 / Rrim(I) all: 0.3604 / % possible all: 99.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
AutoProcessデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.43→50.69 Å / SU ML: 0.2683 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.1289
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 823 5.01 %
Rwork0.1912 15593 -
obs0.1939 16416 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→50.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3182 0 6 114 3302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00793283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98584469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8431434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.580.33031210.24852548X-RAY DIFFRACTION99.85
2.58-2.780.31621490.24312536X-RAY DIFFRACTION100
2.78-3.060.27441530.21622556X-RAY DIFFRACTION99.96
3.06-3.50.27931330.20612596X-RAY DIFFRACTION100
3.5-4.410.20281210.16762615X-RAY DIFFRACTION99.93
4.41-50.690.2211460.17112742X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08871634910.637007378627-0.5922306322750.601025000278-0.4191708736921.71251395299-0.03098888164820.0631377900245-0.093200843302-0.002099950667410.031587960106-0.05277297145080.09531376088330.007982307122913.52625970516E-50.2744256759670.02459177083180.005349683421130.259549720887-0.01499093780490.29497703970721.71727163472.317007543411.6380142214
20.386103301165-0.425557605479-0.2270256294810.740999280054-0.02171058427840.2531431874440.00195958388338-0.1765826189860.0398314163960.0273158499004-0.0531666838662-0.06074717275744.42014445673E-50.01578411863033.14029137998E-50.336873635357-0.0191532428062-0.01121075083640.306594880411-0.01523368516840.3503523056848.5991990107424.394122322325.8884623877
30.3092084150210.192473416570.2637247093020.1030326523070.1238626045470.189009796336-0.3245168638160.3126333074060.0912995548791-0.04017894728580.237503965240.00874057421107-0.314540334644-0.0697545718864-6.9472113529E-50.471779402302-0.07165422865010.00703673482480.4597320189050.003031522984630.37022667151728.063734530119.372699188817.2432009755
40.00544479478920.009529835376380.0007274329550190.011300313423-0.03707278354050.08432710235330.536613852442-0.314100045773-0.125639091887-0.0525345779208-0.1381123761780.192272525569-0.0002974678993850.05145379301950.002249072973360.524666372815-0.0837435061304-0.01594368765570.570165536328-0.001778120103040.37160975205917.670253238712.041226005938.5139179918
50.07448694175210.0951678382790.04447431872040.1047394721020.1010162404810.07718362387530.0649177021646-0.2448820636790.0851601268239-0.194014386027-0.1833463731820.0292177102890.1337387253530.0160802480726-0.0001686995230110.363985945781-0.0246073469136-0.01592434060830.392246191682-0.001200737216750.34392264870324.239858833813.308797654424.2637490949
60.127888898181-0.06499437864010.06729380671420.1115482446560.03261855029690.05906317674850.09876662679370.378056294873-0.4648129089310.1014811728460.249040842411-0.294069080426-0.272862520696-0.1615022622250.01117967384830.3144794284290.0162482588105-0.01520865868850.509788934931-0.01610971512670.35280493589334.407766256112.690992613320.5592502732
70.069141028624-0.0147414281783-0.068712978160.121268951905-0.006023267693720.2565878517610.195156183048-0.420413250539-0.177929669671-0.119607613984-0.310309011497-0.3179810466080.5791211901860.4812567244890.0004425163128910.633025423042-0.0187408254878-0.1230798299560.6444870652630.06842188180620.57541594827533.6853762167.3108205715630.9478824043
80.06763716879110.0572919825780.01776755702540.058149467814-0.02564652474650.0475478280370.19364042426-0.07956860508920.1857940961980.172450915453-0.0901732982187-0.2335181596930.04353770141860.1114135425750.001117045713830.539542160607-0.00805585372221-0.02960396655910.359776361005-0.04106632430210.44209367959723.536543630411.81637237069.43153742349
90.129909361166-0.0165603746219-0.03069532962440.0416020193245-0.03484633005870.03795383243730.0280032873315-0.129129098755-0.280941246198-0.02217316251170.02690691203940.05359501869250.230652010262-0.004565733709760.0001598440664430.458648402017-0.0386571728134-0.05147682765210.407657942749-0.0002854217714810.44024951896725.34679203549.0605635913825.2753734832
100.172209131333-0.04220925156670.1307599407360.263921031644-0.03690781759940.09646098514640.2876279874860.0070183340365-0.09595816798680.258070123501-0.234198099441-0.324043730318-0.04375109040930.3282436537352.44031115184E-50.503109544577-0.152449719616-0.05178869434590.5721571198160.08678730890950.35486721727331.725303808616.04743276632.8583864417
110.00817377027877-0.006356596420140.00281617393460.0285140203951-0.007486695986180.027247967688-0.1804580449640.06344712557460.0465842681621-0.319722705392-0.0619518795796-0.06608061012810.08208319342730.0799246458728-0.0007247716968540.485913103874-0.163874805026-0.04079900441330.923496766094-0.05883131925560.50625450300439.289725926421.458547109517.4669457122
120.0247000829782-0.0503707335286-0.01695206974470.07892745080560.02186206363440.04137687134310.370465100503-0.434104968050.441739345379-0.141179185458-0.04526230549110.105778089057-0.569359982734-0.117168273282-0.0002517708912420.419288724342-0.076686391601-0.02312807129840.568428061073-0.0812823394160.44136071162326.33744742521.020222596832.0184548928
130.05356819066180.03078688422040.01274216497830.01750413457590.0210720741910.050887617967-0.3310080106370.393856862096-0.408296092902-0.0772861741507-0.226665257382-0.3603859810610.157107903850.352955877896-0.001469922910890.3385489796160.02844753820410.01951256313470.3266282123140.02657475037290.35808066385822.7988152921-1.29950274571-4.6325070801
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 174 )AA1 - 1741 - 174
22chain 'A' and (resid 175 through 277 )AA175 - 277175 - 277
33chain 'B' and (resid 0 through 11 )BB0 - 111 - 12
44chain 'B' and (resid 12 through 19 )BB12 - 1913 - 20
55chain 'B' and (resid 20 through 30 )BB20 - 3021 - 31
66chain 'B' and (resid 31 through 41 )BB31 - 4132 - 42
77chain 'B' and (resid 42 through 51 )BB42 - 5143 - 52
88chain 'B' and (resid 52 through 61 )BB52 - 6153 - 62
99chain 'B' and (resid 62 through 71 )BB62 - 7163 - 72
1010chain 'B' and (resid 72 through 84 )BB72 - 8473 - 85
1111chain 'B' and (resid 85 through 90 )BB85 - 9086 - 91
1212chain 'B' and (resid 91 through 99 )BB91 - 9992 - 100
1313chain 'P' and (resid 1 through 9 )PE1 - 91 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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