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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p42 | ||||||
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タイトル | Full length structure of TcMIP with bound inhibitor NJS227. | ||||||
![]() | Macrophage infectivity potentiator | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Macrophage / potentiator / soluble / protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / chromatin / nucleolus / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Whittaker, J.J. / Guskov, A. / Goretzki, B. / Hellmich, U.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural dynamics of macrophage infectivity potentiator proteins (MIPs) are differentially modulated by inhibitors and appendage domains 著者: Whittaker, J.J. / Guskov, A. / Goretzki, B. / Hellmich, U.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8p3cC ![]() 8p3dC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18186.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MIP / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | 分子量: 556.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30F2N4O4S #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.22 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5mM TRIS pH 7.5 150mM NaCl PEG2000 12 % |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.967 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.64→34.9 Å / Num. obs: 12330 / % possible obs: 94.84 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.92 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.64→2.74 Å / Num. unique obs: 1225 / CC1/2: 0.84 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.64→34.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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