PDB-8p3r: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p3r

タイトル

Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK4

要素

Chemotaxis protein CheA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Inhibitor / Transferase / Fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / chemotaxis / protein domain specific binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Adhav, A. / Marina, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK4
著者: Adhav, A. / Marina, A.

履歴

登録	2023年5月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p3r.cif.gz	146.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p3r.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Chemotaxis protein CheA

B: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

42.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, The protein was obtained as monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.088, 59.182, 66.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.118, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 5 - 189 / Label seq-ID: 5 - 189

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Chemotaxis protein CheA 分子量: 21079.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: cheA, TM_0702 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56310, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-WUT / 9~{H}-purine 分子量: 120.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.62 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→66.251 Å / Num. obs: 24981 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.949 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.384 / Num. unique obs: 1758 / CC_1/2: 0.957 / R_pim(I) all: 0.245 / R_rim(I) all: 0.457

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→66.251 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / WR_factor R_free: 0.241 / WR_factor R_work: 0.19 / SU B: 3.263 / SU ML: 0.098 / Average fsc free: 0.9672 / Average fsc work: 0.9809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2285	1159	4.642 %
R_work	0.1804	23807	-
all	0.183	-	-
obs	-	24966	99.138 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.304 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.674 Å²	-0 Å²	0.097 Å²
2-	-	0.434 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.179 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→66.251 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2689	0	18	59	2766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.045	1.642	3683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.671	1.575	6295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.867	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.887	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.663	10	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.289	10	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.327	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.283	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.309	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.17	2.847	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.146	2.848	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.375	5.063	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.373	5.066	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.439	3.72	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.439	3.72	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.677	6.412	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.674	6.411	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.704	33.671	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.704	33.669	2975
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.123	0.05	5081

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12284	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12284	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.237	99	0.179	1758	0.183	1861	0.961	0.979	99.7851	0.168
1.949-2.003	0.208	72	0.175	1688	0.176	1776	0.97	0.98	99.0991	0.162
2.003-2.061	0.215	86	0.182	1695	0.184	1785	0.967	0.98	99.7759	0.173
2.061-2.124	0.2	77	0.179	1608	0.18	1692	0.975	0.981	99.5863	0.169
2.124-2.194	0.266	77	0.179	1548	0.183	1638	0.96	0.981	99.2063	0.172
2.194-2.271	0.251	91	0.18	1510	0.184	1609	0.962	0.981	99.5028	0.175
2.271-2.356	0.246	75	0.176	1458	0.18	1542	0.962	0.982	99.4163	0.173
2.356-2.452	0.238	60	0.179	1393	0.182	1474	0.967	0.981	98.5753	0.176
2.452-2.561	0.271	73	0.188	1372	0.192	1455	0.96	0.981	99.3127	0.187
2.561-2.686	0.241	68	0.182	1278	0.185	1349	0.966	0.982	99.7776	0.183
2.686-2.831	0.2	54	0.167	1231	0.168	1295	0.979	0.984	99.2278	0.172
2.831-3.002	0.268	45	0.188	1179	0.19	1239	0.962	0.979	98.7893	0.197
3.002-3.209	0.24	57	0.183	1077	0.186	1159	0.972	0.98	97.843	0.195
3.209-3.466	0.224	42	0.173	1026	0.174	1077	0.971	0.982	99.1643	0.19
3.466-3.795	0.207	49	0.184	948	0.185	1007	0.977	0.98	99.007	0.205
3.795-4.242	0.227	38	0.164	852	0.166	900	0.97	0.985	98.8889	0.189
4.242-4.894	0.193	35	0.162	732	0.164	790	0.979	0.986	97.0886	0.191
4.894-5.986	0.21	29	0.2	661	0.2	696	0.978	0.979	99.1379	0.23
5.986-8.431	0.286	24	0.207	498	0.211	531	0.959	0.976	98.3051	0.239
8.431-66.251	0.157	8	0.205	295	0.203	308	0.956	0.976	98.3766	0.237

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