PDB-8p3n: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p3n

タイトル

Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK8

要素

Chemotaxis protein CheA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Inhibitor / Transferase / Fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / chemotaxis / protein domain specific binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Adhav, A. / Marina, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK8
著者: Adhav, A. / Marina, A.

履歴

登録	2023年5月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p3n.cif.gz	354.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p3n.ent.gz	219.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8p3n_validation.pdf.gz	914.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p3n_full_validation.pdf.gz	918.3 KB	表示
XML形式データ	8p3n_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	8p3n_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5)

登録構造単位

B: Chemotaxis protein CheA

A: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

42.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein observed as monomer.

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.978, 59.021, 66.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.318, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 5 - 189 / Label seq-ID: 5 - 189

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Chemotaxis protein CheA 分子量: 21079.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: cheA, TM_0702 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56310, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADZ / 9-METHYL-9H-PURIN-6-AMINE / 9-メチルアデニン分子量: 149.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.01 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→65.98 Å / Num. obs: 21093 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 2→2.052 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.187 / Num. unique obs: 1525 / CC_1/2: 0.987 / R_pim(I) all: 0.118 / R_rim(I) all: 0.222

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→44.029 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / WR_factor R_free: 0.256 / WR_factor R_work: 0.192 / SU B: 8.726 / SU ML: 0.119 / Average fsc free: 0.9602 / Average fsc work: 0.9801 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2435	1010	4.792 %
R_work	0.1848	20068	-
all	0.188	-	-
obs	-	21078	98.321 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.093 Å²	0 Å²	-0.299 Å²
2-	-	-0.791 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.898 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.029 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2668	0	22	75	2765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.043	1.643	3660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.66	1.576	6212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.421	5	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.504	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.041	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.14	10	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.355	10	119
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.356	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.318	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.468	2.158	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.461	2.158	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.566	3.843	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.564	3.846	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.249	2.824	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.249	2.824	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.935	4.87	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.933	4.87	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.027	26.344	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.03	26.356	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.142	0.05	4947

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1418	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1418	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.289	73	0.171	1525	0.176	1608	0.948	0.982	99.3781	0.163
2.052-2.108	0.271	84	0.186	1427	0.19	1528	0.957	0.978	98.8874	0.175
2.108-2.169	0.256	71	0.185	1398	0.188	1488	0.961	0.978	98.7231	0.175
2.169-2.236	0.286	66	0.178	1357	0.183	1434	0.952	0.98	99.2329	0.17
2.236-2.309	0.218	61	0.172	1332	0.174	1398	0.965	0.983	99.6423	0.166
2.309-2.389	0.218	67	0.164	1283	0.167	1357	0.971	0.984	99.4842	0.16
2.389-2.479	0.269	76	0.169	1242	0.175	1328	0.957	0.983	99.247	0.167
2.479-2.58	0.25	56	0.181	1194	0.184	1259	0.962	0.981	99.2851	0.178
2.58-2.695	0.323	45	0.178	1143	0.182	1203	0.935	0.981	98.7531	0.178
2.695-2.826	0.216	48	0.169	1078	0.172	1148	0.969	0.982	98.0836	0.171
2.826-2.978	0.246	62	0.182	1049	0.185	1115	0.967	0.98	99.6413	0.188
2.978-3.158	0.281	56	0.198	996	0.203	1056	0.955	0.976	99.6212	0.203
3.158-3.374	0.272	42	0.209	940	0.212	987	0.955	0.972	99.4934	0.223
3.374-3.643	0.247	42	0.2	855	0.202	902	0.957	0.976	99.4457	0.212
3.643-3.988	0.178	27	0.182	653	0.182	853	0.977	0.981	79.7186	0.2
3.988-4.454	0.21	38	0.171	729	0.173	782	0.968	0.983	98.0818	0.188
4.454-5.134	0.159	35	0.163	645	0.162	685	0.989	0.986	99.2701	0.186
5.134-6.267	0.249	26	0.238	538	0.239	573	0.975	0.974	98.4293	0.259
6.267-8.774	0.221	18	0.217	422	0.218	452	0.981	0.976	97.3451	0.251
8.774-44.029	0.392	17	0.184	262	0.196	281	0.912	0.979	99.2883	0.221

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0993	-0.2109	-0.4115	0.5056	0.18	0.2607	0.0386	-0.018	-0.0479	-0.0065	-0.0346	0.0035	0.0023	-0.033	-0.004	0.0148	-0.0021	0.0011	0.0275	0.009	0.0125	14.8932	-7.0509	25.486
2	0.4233	0.3298	-0.4895	0.662	-0.8154	2.0656	-0.0286	0.0074	-0.0041	-0.015	0.0535	0.0513	0.0959	0.0398	-0.025	0.0072	0.0048	0.005	0.0355	-0.0066	0.0203	5.2462	-13.1914	-5.6384

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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