PDB-8p3m: The structure of thiocyanate dehydrogenase mutant form with Lys 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p3m

タイトル

The structure of thiocyanate dehydrogenase mutant form with Lys 281 replaced by Ala from Thioalkalivibrio paradoxus

要素

Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thiocyanate dehydrogenase / Thioalkalivibrio paradoxus / Recombinant protein / Surface amino acid residue mutation

機能・相同性

Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / metal ion binding / BORIC ACID / COPPER (II) ION / Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Varfolomeeva, L.A. / Polyakov, K.M. / Komolov, A.S. / Rakitina, T.V. / Dergousova, N.I. / Dorovatovskii, P.V. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Crystallography Reports / 年: 2023
タイトル: Improvement of the Diffraction Properties of Thiocyanate Dehydrogenase Crystals
著者: Varfolomeeva, L.A. / Polyakov, K.M. / Komolov, A.S. / Rakitina, T.V. / Dergousova, N.I. / Dorovatovskii, P.V. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.

履歴

登録	2023年5月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p3m.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p3m.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p3m_validation.pdf.gz	14.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p3m_full_validation.pdf.gz	14.6 MB	表示
XML形式データ	8p3m_validation.xml.gz	273 KB	表示
CIF形式データ	8p3m_validation.cif.gz	383.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p3lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

D: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

G: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

J: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

M: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

P: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

S: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

V: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

Y: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

2: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

5: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

8: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

x: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

e: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

h: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

k: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

ヘテロ分子

883 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

D: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
111 kDa, 2 ポリマー
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2

G: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

J: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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3

M: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

P: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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4

S: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

V: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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5

Y: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

2: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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6

5: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

8: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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7

x: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

e: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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8

h: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

k: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.150, 142.420, 294.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 16分子 ADGJMPSVY258xehk

#1: タンパク質	Twin-arginine translocation signal domain-containing protein / Thiocyanate dehydrogenase 分子量: 54944.594 Da / 分子数: 16 / 変異: K281A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌) 遺伝子: THITH_13335 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0DP94

-
非ポリマー , 5種, 2473分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸分子量: 61.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH₃O₃
#4: 化合物	... ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.7 M Li2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.07→49.12 Å / Num. obs: 485243 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.92 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_rim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 6.91

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.07-2.1	0.813	20586	0.408	0.993	1
2.1-2.15	0.712	31825	0.467	0.872	1
2.15-2.25	0.591	55489	0.564	0.729	1
2.25-2.5	0.408	102772	0.782	0.497	1
2.5-3	0.219	116138	0.93	0.27	1
3-4	0.08	90948	0.989	0.099	1
4-5	0.051	32776	0.994	0.063	1
5-6	0.05	14547	0.994	0.062	1
6-10	0.045	15800	0.996	0.055	1
10-49.12	0.035	4362	0.997	0.043	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→49.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 6.136 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23365	24463	5 %	RANDOM
R_work	0.17884	-	-	-
obs	0.1816	460779	98.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.317 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.73 Å²	0 Å²	-0.26 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.07→49.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	57885	0	127	2420	60432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.012	59715
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.816	1.635	81505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.725	5	7456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.8	23.108	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.296	15	9030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.914	15	268
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.184	0.2	7633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	46332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.531	2.934	29872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.388	4.371	37312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.021	3.109	29843
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.106	39.964	91419
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	1793	-
R_work	0.295	34342	-
obs	-	-	99.72 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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