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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p3a | ||||||
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タイトル | bacteriophage T5 l-alanoyl-d-glutamate peptidase Zn2+/Ca2+ form | ||||||
![]() | L-alanyl-D-glutamate peptidase | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / l-alanoyl-d-glutamate peptidase / bacteriophage T5 / endolysin / Zn2+ and Ca2+ containing form | ||||||
機能・相同性 | ![]() metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / viral release from host cell by cytolysis / cell wall organization / peptidase activity / defense response to bacterium / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
![]() | Prokhorov, D.A. / Kutyshenko, V.P. / Mikoulinskaia, G.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of Ca2+-dependent activation of L-alanoyl-D-glutamate peptidase bacteriophage T5. 著者: Prokhorov, D.A. / Mikoulinskaia, G.V. / Molochkov, N.V. / Uversky, V.N. / Kutyshenko, V.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 839.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 705.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15286.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ZN - ZN2+ ION CA - CA2+ ION / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6QGP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] l-alanoyl-d-glutamate peptidase, 50 mM [U-100% 2H] sodium acetate, 3 mM Zn(NO3)2, 3 mM CaCl2, 0.03 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O 詳細: The sample was obtained by renaturation from a solution of 8 M urea in the presence of Zn2+ and Ca2+ salts Label: endo_T5 Zn-Ca / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | 詳細: The sample remained stable throughout the entire data collection period. The stability of the sample was monitored by periodically recording 15N-HSQC spectra and comparing them. イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 5 / Label: conditions_1 / pH: 4.1 / PH err: 0.05 / 圧: AMBIENT atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: TXI probehead |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: target function | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |