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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p2u | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of S6BE with Silicotungstic Acid (STA) polyoxometalate | ||||||||||||
![]() | S6BE | ||||||||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / beta propeller / synthetic / designer / polyoxometalate / STA / co-crystal / silicotungstic acid | ||||||||||||
機能・相同性 | Keggin (STA)![]() | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wouters, S.M.L. / Kamata, K. / Vandebroek, L. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of S6BE with Silicotungstic Acid (STA) polyoxometalate 著者: Wouters, S.M.L. / Kamata, K. / Takahashi, K. / Vandebroek, L. / Parac-Vogt, T.N. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30458.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SIW / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.43 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 1.5 M Sodium malonate, pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→38.38 Å / Num. obs: 61953 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Num. measured all: 3386 / Num. unique obs: 1866 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.134 / Rrim(I) all: 0.189 / Χ2: 0.41 / Net I/σ(I) obs: 5.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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