PDB-8p2m: C. elegans TIR-1 protein.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p2m

タイトル

C. elegans TIR-1 protein.

要素

NAD(+) hydrolase tir-1

キーワード

HYDROLASE / SARM1 / TIR-1 / C. elegans / neurodegeneration / cryo-EM / structural biology / NAD+ metabolism / axon Wallerian degeneration

機能・相同性

機能・相同性情報

serotonin biosynthetic process / negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / antibacterial innate immune response / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / cell fate specification / response to axon injury / defense response to fungus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Opatowsky, Y.

資金援助

イスラエル,

米国, 3件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structure-function analysis of ceTIR-1/hSARM1 explains the lack of Wallerian axonal degeneration in C. elegans.
著者: Tami Khazma / Atira Grossman / Julia Guez-Haddad / Chengye Feng / Hadas Dabas / Radhika Sain / Michal Weitman / Ran Zalk / Michail N Isupov / Marc Hammarlund / Michael Hons / Yarden Opatowsky /

要旨: Wallerian axonal degeneration (WD) does not occur in the nematode C. elegans, in contrast to other model animals. However, WD depends on the NADase activity of SARM1, a protein that is also expressed ...

履歴

登録	2023年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p2m.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p2m.ent.gz	872.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p2m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/8p2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/8p2m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	17370MC 17369C 8p2lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (5)

登録構造単位

A: NAD(+) hydrolase tir-1

B: NAD(+) hydrolase tir-1

C: NAD(+) hydrolase tir-1

D: NAD(+) hydrolase tir-1

E: NAD(+) hydrolase tir-1

F: NAD(+) hydrolase tir-1

G: NAD(+) hydrolase tir-1

H: NAD(+) hydrolase tir-1

I: NAD(+) hydrolase tir-1

760 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 194 - 849 / Label seq-ID: 60 - 715

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
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15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
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33	Local NCS retraints between domains: 65 66
34	Local NCS retraints between domains: 67 68
35	Local NCS retraints between domains: 69 70
36	Local NCS retraints between domains: 71 72

#1: タンパク質	NAD(+) hydrolase tir-1 / NADase tir-1 / Neuronal symmetry protein 2 / SARM1 homolog / Sterile alpha and TIR motif-containing ...NADase tir-1 / Neuronal symmetry protein 2 / SARM1 homolog / Sterile alpha and TIR motif-containing protein tir-1 分子量: 84496.172 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: tir-1, nsy-2, F13B10.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q86DA5, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase

#1: タンパク質

NAD(+) hydrolase tir-1 / NADase tir-1 / Neuronal symmetry protein 2 / SARM1 homolog / Sterile alpha and TIR motif-containing ...

分子量: 84496.172 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: tir-1, nsy-2, F13B10.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q86DA5, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: C. elegans TIR1. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F
緩衝液	pH: 8.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 41.4 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU		画像取得
7	Coot	9.6	モデルフィッティング
8	ISOLDE	1.5	モデルフィッティング
10	cryoSPARC		初期オイラー角割当
11	cryoSPARC		最終オイラー角割当
20	REFMAC	5	モデル精密化
21	UCSF ChimeraX	1.5	モデル精密化
22	ISOLDE	1.5	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 370021

3次元再構成

解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121487 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL

原子モデル構築

Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

精密化

解像度: 3.82→3.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / WR_factor R_work: 0.449 / SU B: 72.443 / SU ML: 0.838 / Average fsc overall: 0.4155 / Average fsc work: 0.4155 / ESU R: 0.503 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.4491	729964	-
all	0.449	-	-
R_free	-	-	0 %
obs	-	-	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 349.919 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.548 Å²	0.574 Å²	-0.05 Å²
2-	-	1.071 Å²	1.45 Å²
3-	-	-	-0.523 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.01	0.012	47586
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	1.834	1.632	64269
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	7.033	5	5802
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	32.533	23.123	2408
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	14.068	15	8976
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg	19.338	15	252
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.14	0.2	6332
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	35067
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined	0.206	0.2	51528
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined	0.292	0.2	66676
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	4102
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	10.522	34.364	23259
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	17.83	51.526	29044
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	14.708	35.431	24327
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it	24.411	52.768	35225
ELECTRON MICROSCOPY	r_lrange_it	42.699	655.086	212861
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_1	0.134	0.05	42672
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_2	0.139	0.05	42164
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_3	0.13	0.05	42402
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_4	0.137	0.05	42328
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_5	0.138	0.05	42238
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_6	0.131	0.05	42566
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_7	0.132	0.05	42576
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_8	0.13	0.05	42426
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_9	0.11	0.05	44266
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_10	0.094	0.05	44640
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_11	0.1	0.05	44768
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_12	0.105	0.05	44360
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_13	0.091	0.05	45094
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_14	0.09	0.05	44848
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_15	0.098	0.05	44540
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_16	0.108	0.05	44056
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_17	0.112	0.05	43968
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_18	0.114	0.05	43710
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_19	0.107	0.05	44284
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_20	0.107	0.05	44236
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_21	0.109	0.05	44048
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_22	0.098	0.05	44452
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_23	0.102	0.05	44182
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_24	0.093	0.05	44558
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_25	0.087	0.05	44746
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_26	0.1	0.05	44110
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_27	0.105	0.05	44156
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_28	0.1	0.05	44402
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_29	0.097	0.05	44424
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_30	0.103	0.05	44094
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_31	0.101	0.05	44396
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_32	0.099	0.05	44290
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_33	0.11	0.05	43812
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_34	0.084	0.05	44918
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_35	0.093	0.05	44512
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_36	0.09	0.05	44628

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.1336	0.05009
1	2	B	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.1336	0.05009
2	3	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.13869	0.05009
2	4	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.13869	0.05009
3	5	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.12989	0.05009
3	6	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.12989	0.05009
4	7	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.1368	0.05009
4	8	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.1368	0.05009
5	9	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.13819	0.05009
5	10	F	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.13819	0.05009
6	11	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.13121	0.05009
6	12	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.13121	0.05009
7	13	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.1317	0.05009
7	14	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.1317	0.05009
8	15	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.12991	0.05009
8	16	I	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.12991	0.05009
9	17	B	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.11035	0.0501
9	18	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.11035	0.0501
10	19	B	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09372	0.0501
10	20	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09372	0.0501
11	21	B	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09973	0.0501
11	22	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09973	0.0501
12	23	B	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10452	0.0501
12	24	F	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10452	0.0501
13	25	B	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09087	0.05011
13	26	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09087	0.05011
14	27	B	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09035	0.0501
14	28	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09035	0.0501
15	29	B	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09762	0.0501
15	30	I	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09762	0.0501
16	31	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10813	0.0501
16	32	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10813	0.0501
17	33	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.11232	0.0501
17	34	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.11232	0.0501
18	35	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.11443	0.0501
18	36	F	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.11443	0.0501
19	37	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10717	0.0501
19	38	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10717	0.0501
20	39	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10715	0.0501
20	40	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10715	0.0501
21	41	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10892	0.0501
21	42	I	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10892	0.0501
22	43	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09811	0.0501
22	44	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09811	0.0501
23	45	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.1021	0.0501
23	46	F	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.1021	0.0501
24	47	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09252	0.0501
24	48	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09252	0.0501
25	49	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08734	0.0501
25	50	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08734	0.0501
26	51	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10006	0.0501
26	52	I	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10006	0.0501
27	53	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10483	0.0501
27	54	F	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10483	0.0501
28	55	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09951	0.0501
28	56	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09951	0.0501
29	57	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09723	0.0501
29	58	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09723	0.0501
30	59	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10343	0.0501
30	60	I	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10343	0.0501
31	61	F	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10084	0.0501
31	62	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.10084	0.0501
32	63	F	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09947	0.0501
32	64	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09947	0.0501
33	65	F	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.11028	0.0501
33	66	I	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.11028	0.0501
34	67	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08415	0.05011
34	68	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08415	0.05011
35	69	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09285	0.0501
35	70	I	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09285	0.0501
36	71	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09038	0.0501
36	72	I	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09038	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection R_free: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	WR_factor R_work
3.821-3.92	0.857	54640	0.857	54640	0.118	0.857
3.92-4.027	0.709	52348	0.709	52348	0.131	0.709
4.027-4.144	0.631	51442	0.631	51442	0.161	0.631
4.144-4.271	0.587	49864	0.587	49864	0.208	0.587
4.271-4.411	0.559	48232	0.559	48232	0.252	0.559
4.411-4.566	0.55	46130	0.55	46130	0.308	0.55
4.566-4.739	0.536	45316	0.536	45316	0.37	0.536
4.739-4.932	0.529	42742	0.529	42742	0.384	0.529
4.932-5.151	0.516	41818	0.516	41818	0.433	0.516
5.151-5.403	0.5	39347	0.5	39347	0.494	0.5
5.403-5.695	0.494	37666	0.494	37666	0.518	0.494
5.695-6.04	0.487	35777	0.487	35777	0.538	0.487
6.04-6.457	0.482	33541	0.482	33541	0.553	0.482
6.457-6.974	0.449	31037	0.449	31037	0.617	0.449
6.974-7.639	0.411	28679	0.411	28679	0.731	0.411
7.639-8.54	0.403	25856	0.403	25856	0.8	0.403
8.54-9.859	0.398	23118	0.398	23118	0.836	0.398
9.859-12.071	0.357	19263	0.357	19263	0.867	0.357
12.071-17.053	0.344	14961	0.344	14961	0.841	0.344
17.053-268.8	0.43	8184	0.43	8184	0.915	0.43

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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