[日本語] English
万見
- PDB-8p1z: Arabidopsis thaliana cytosolic seryl-tRNA synthetase in addition ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p1z
タイトルArabidopsis thaliana cytosolic seryl-tRNA synthetase in addition of dithiothreitol (DTT)
要素Serine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / synthetase / class II / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / plastid / cytoplasmic translation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kekez, I. / Soic, R. / Rokov-Plavec, J. / Matkovic-Calogovic, D.
資金援助 クロアチア, 1件
組織認可番号国
Croatian Science FoundationIP-2014-09-4274 クロアチア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Arabidopsis thaliana cytosolic seryl-tRNA synthetase in addition of dithiothreitol (DTT)
著者: Kekez, I. / Soic, R. / Rokov-Plavec, J. / Matkovic-Calogovic, D.
履歴
登録2023年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1431
ポリマ－52,1431
非ポリマー00
水86548
1
AAA: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic

AAA: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 104 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2872
ポリマ－104,2872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area35700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)97.410, 45.889, 107.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.942, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

#1: タンパク質 Serine--tRNA ligase, cytoplasmic / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase


分子量: 52143.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Parts of the sequence that are not visible from the electron density map and are missing in pdb file.
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g27470, F21A20_180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39230, serine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Magnesium chloride, PEG 4000, TRIS pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.167 Å / Num. obs: 20826 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.816 / Num. unique obs: 2088

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→19.158 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / WRfactor Rfree: 0.274 / WRfactor Rwork: 0.207 / SU B: 16.306 / SU ML: 0.341 / Average fsc free: 0.7249 / Average fsc work: 0.7458 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.279 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 1080 5.187 %
Rwork0.2263 19741 -
all0.229 --
obs-20821 97.728 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 50.999 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.001 Å20 Å20.006 Å2
2--0.001 Å20 Å2
3----0.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3256 0 0 48 3304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.6464490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2461.5787169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.0135.218413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.96522.5184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.82915600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg6.524153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0151523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2699
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.22955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.21575
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.21613
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1540.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2280.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2170.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1510.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9375.3881634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9375.3871633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.338.0512036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3298.0522037
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8475.6741697
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8465.6741698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3458.3412453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3448.3412454
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.91999.56713581
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.91999.57213573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.394690.3941331X-RAY DIFFRACTION91.683
2.36-2.4240.412730.3791415X-RAY DIFFRACTION97.1279
2.424-2.4950.369650.3721388X-RAY DIFFRACTION98.7092
2.495-2.5710.357790.3621365X-RAY DIFFRACTION99.244
2.571-2.6550.376830.3681274X-RAY DIFFRACTION99.0511
2.655-2.7490.444820.321262X-RAY DIFFRACTION99.1882
2.749-2.8520.332580.2951237X-RAY DIFFRACTION99.0819
2.852-2.9680.331740.2571182X-RAY DIFFRACTION99.2101
2.968-3.10.3550.2451120X-RAY DIFFRACTION99.2399
3.1-3.2510.278560.2131116X-RAY DIFFRACTION99.0702
3.251-3.4270.29580.21023X-RAY DIFFRACTION99.3566
3.427-3.6340.227410.201998X-RAY DIFFRACTION99.4258
3.634-3.8840.28470.176940X-RAY DIFFRACTION99.2958
3.884-4.1950.206470.169843X-RAY DIFFRACTION98.6696
4.195-4.5930.236500.151800X-RAY DIFFRACTION99.1832
4.593-5.1330.172370.145728X-RAY DIFFRACTION98.4556
5.133-5.9230.316400.178614X-RAY DIFFRACTION97.7578
5.923-7.2420.289340.197532X-RAY DIFFRACTION96.2585
7.242-10.1940.256240.19401X-RAY DIFFRACTION92.7948
10.194-19.1580.34380.225173X-RAY DIFFRACTION65.5797

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る