PDB-8p1y: Arabidopsis thaliana mutated variant C244S of seryl-tRNA synthetase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p1y

タイトル

Arabidopsis thaliana mutated variant C244S of seryl-tRNA synthetase

要素

Serine--tRNA ligase, cytoplasmic

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / synthetase / class II / cytoplasmic

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrial seryl-tRNA aminoacylation / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / plastid / cytoplasmic translation / tRNA binding / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Kekez, I. / Soic, R. / Rokov-Plavec, J. / Matkovic-Calogovic, D.

資金援助

クロアチア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Arabidopsis thaliana mutated variant C244S of seryl-tRNA synthetase
著者: Kekez, I. / Soic, R. / Rokov-Plavec, J. / Matkovic-Calogovic, D.

履歴

登録	2023年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p1y.cif.gz	102.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p1y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p1y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p1y_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p1y_full_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示
XML形式データ	8p1y_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	8p1y_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (12)

登録構造単位

AAA: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic

52.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
104 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.385, 46.154, 107.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.791, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-524- HOH

#1: タンパク質	Serine--tRNA ligase, cytoplasmic / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser) synthetase 分子量: 52127.238 Da / 分子数: 1 / 変異: C244S / 由来タイプ: 組換発現詳細: Parts of the sequence missing in the pdb file were not visible from the electron density map. 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g27470, F21A20_180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39230, serine-tRNA ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Serine--tRNA ligase, cytoplasmic / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser) synthetase

分子量: 52127.238 Da / 分子数: 1 / 変異: C244S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Parts of the sequence missing in the pdb file were not visible from the electron density map.
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g27470, F21A20_180 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39230, serine-tRNA ligase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: magnesium chloride, TRIS pH 7, PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→19.357 Å / Num. obs: 14883 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 9.42
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.574 / Num. unique obs: 1491

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→19.357 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 19.114 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.152 / ESU R Free: 0.343 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26577	764	5.134 %
R_work	0.20792	14117	-
all	0.211	-	-
obs	-	14881	99.299 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.162 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.106 Å²	-0 Å²	-0.043 Å²
2-	-	0.012 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.111 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.357 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3238	0	0	100	3338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.644	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.213	1.578	6967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.292	5	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.716	22.655	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.065	15	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.839	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	706
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.074	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.118	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.764	6.543	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.765	6.543	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.747	9.782	2065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.746	9.782	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.948	6.582	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.946	6.582	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.151	9.746	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.151	9.746	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.328	117.501	13224
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.318	117.534	13195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.667	0.348	49	0.401	1026	X-RAY DIFFRACTION	99.6293
2.667-2.74	0.39	63	0.365	1020	X-RAY DIFFRACTION	99.9078
2.74-2.82	0.325	53	0.353	974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.906	0.414	48	0.298	977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.906-3.002	0.364	62	0.28	912	X-RAY DIFFRACTION	99.6929
3.002-3.107	0.34	59	0.264	871	X-RAY DIFFRACTION	99.8926
3.107-3.224	0.304	35	0.226	883	X-RAY DIFFRACTION	100
3.224-3.355	0.28	30	0.217	868	X-RAY DIFFRACTION	99.7778
3.355-3.504	0.216	40	0.204	802	X-RAY DIFFRACTION	99.8814
3.504-3.675	0.277	35	0.198	767	X-RAY DIFFRACTION	99.8755
3.675-3.873	0.228	48	0.19	723	X-RAY DIFFRACTION	99.8705
3.873-4.107	0.213	42	0.166	698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.107-4.39	0.244	36	0.153	641	X-RAY DIFFRACTION	99.5588
4.39-4.74	0.254	35	0.134	605	X-RAY DIFFRACTION	99.6885
4.74-5.191	0.22	40	0.153	562	X-RAY DIFFRACTION	99.6689
5.191-5.8	0.219	32	0.185	511	X-RAY DIFFRACTION	99.0876
5.8-6.69	0.229	21	0.194	464	X-RAY DIFFRACTION	100
6.69-8.177	0.182	19	0.205	381	X-RAY DIFFRACTION	99.7506
8.177-11.496	0.33	10	0.166	310	X-RAY DIFFRACTION	97.2644
11.496-19.357	0.264	7	0.193	122	X-RAY DIFFRACTION	65.1515

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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