[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8p1s: Bifidobacterium asteroides alpha-L-fucosidase (TT1819) in complex... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8p1s | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Bifidobacterium asteroides alpha-L-fucosidase (TT1819) in complex with fucose. | |||||||||||||||
Components | Bifidobacterium asteroides alpha-L-fucosidase (TT1819) | |||||||||||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / glycosidase hydrolase / fucosidase / GH29 | |||||||||||||||
Function / homology | alpha-L-fucopyranose / IMIDAZOLE Function and homology information | |||||||||||||||
Biological species | Bifidobacterium asteroides (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||||||||
Authors | Owen, C.D. / Penner, M. / Gascuena, A.N. / Wu, H. / Hernando, P.J. / Monaco, S. / Le Gall, G. / Gardner, R. / Ndeh, D. / Urbanowicz, P.A. ...Owen, C.D. / Penner, M. / Gascuena, A.N. / Wu, H. / Hernando, P.J. / Monaco, S. / Le Gall, G. / Gardner, R. / Ndeh, D. / Urbanowicz, P.A. / Spencer, D.I.R. / Walsh, M.A. / Angulo, J. / Juge, N. | |||||||||||||||
Funding support | United Kingdom, Spain, European Union, 4items
| |||||||||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Exploring sequence, structure and function of microbial fucosidases from glycoside hydrolase GH29 family Authors: Owen, C.D. / Penner, M. / Gascuena, A.N. / Wu, H. / Hernando, P.J. / Monaco, S. / Le Gall, G. / Gardner, R. / Ndeh, D. / Urbanowicz, P.A. / Spencer, D.I.R. / Walsh, M.A. / Angulo, J. / Juge, N. | |||||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8p1s.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8p1s.ent.gz | 684.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8p1s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8p1s_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8p1s_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | 8p1s_validation.xml.gz | 79.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8p1s_validation.cif.gz | 109 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8p1rC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 22 - 362 / Label seq-ID: 2 - 342
NCS ensembles :
|
-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 12 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 38867.016 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bifidobacterium asteroides (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Sugar | ChemComp-FUC / |
---|
-Non-polymers , 5 types, 743 molecules
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.97 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.12M Diethylene glycol; 0.12M Triethylene glycol; 0.12M Tetraethylene glycol; 0.12M Pentaethylene glycol, 0.1M Tris (base); BICINE pH 8.5, 10% v/v MPD; 10% PEG 1000; 10% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.97625 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 5, 2017 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→108.56 Å / Num. obs: 167861 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 17.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.262 / Net I/σ(I): 9.2 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→83.741 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 9.396 / SU ML: 0.123 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.131 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.507 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→83.741 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|