PDB-8p1p: USP28 in complex with AZ1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p1p

タイトル

USP28 in complex with AZ1

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28

キーワード

ONCOPROTEIN / USP28 / Ubiquitin / inhibitor / AZ1

機能・相同性

機能・相同性情報

protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / deubiquitinase activity / response to ionizing radiation / protein deubiquitination / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / regulation of protein stability / cellular response to UV / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Sauer, F. / Karal-Nair, R. / Kisker, C.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the bi-specificity of USP25 and USP28 inhibitors.
著者: Patzke, J.V. / Sauer, F. / Nair, R.K. / Endres, E. / Proschak, E. / Hernandez-Olmos, V. / Sotriffer, C. / Kisker, C.

履歴

登録	2023年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.id ..._citation.country / _citation.id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p1p.cif.gz	380.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p1p.ent.gz	309.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/8p1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p14C 8p19C 8p1qC 6h4i C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28

ヘテロ分子

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.444, 105.541, 178.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.937249275528, -0.0630279006468, -0.342915848661), (-0.00591682508518, 0.986258661315, -0.165102526214), (0.348609791463, -0.152713249987, -0.924743140864) ...

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28 / Deubiquitinating enzyme 28 / Ubiquitin thioesterase 28 / Ubiquitin-specific-processing protease 28 分子量: 57924.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP28, KIAA1515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RU2, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-WF0 / 2-[[5-bromanyl-2-[[4-fluoranyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]methoxy]phenyl]methylamino]ethanol 分子量: 422.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₆BrF₄NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.5 M sodium malonate pH 6.0 0.1 M sodium citrate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.76→48.35 Å / Num. obs: 34461 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 60.95 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.76→3.008 Å / Num. unique obs: 1723 / CC_1/2: 0.393

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.76→48.35 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	1213	3.52 %
R_work	0.2128	-	-
obs	0.2138	34413	69.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.76→48.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7074	0	55	47	7176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7333
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.558	9942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.27	2710
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1053
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1308

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.76-2.87	0.2526	11	0.3459	262	X-RAY DIFFRACTION	5
2.87-3	0.4367	43	0.3427	1250	X-RAY DIFFRACTION	24
3-3.15	0.3787	76	0.3097	2332	X-RAY DIFFRACTION	44
3.15-3.35	0.2978	123	0.2756	3257	X-RAY DIFFRACTION	62
3.35-3.61	0.2985	172	0.2516	4443	X-RAY DIFFRACTION	84
3.61-3.97	0.2515	193	0.2142	5315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.55	0.2066	195	0.1717	5360	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-5.73	0.1914	196	0.176	5374	X-RAY DIFFRACTION	100
5.73-48.35	0.2403	204	0.2212	5607	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9776	-1.0029	-0.1312	1.9335	0.0533	0.982	-0.4317	-1.744	-0.3247	1.151	0.6413	0.2127	-0.489	0.5471	0.2217	0.5174	0.2086	-0.0966	0.8369	-0.1406	0.1795	19.642	-40.541	-16.075
2	-0.3142	1.4116	-0.7972	1.1194	-0.9125	0.5049	0.0341	-0.1593	0.3765	-0.6497	-0.0916	-0.0437	-0.4979	0.1216	-0.1493	0.745	-0.0453	0.1464	0.1332	0.0825	0.4686	35.088	-28.918	-47.906
3	3.007	-0.2082	0.5691	0.9217	-0.1503	0.8319	-0.2613	-0.8857	-0.4521	0.0928	0.3758	0.429	0.0545	-0.4332	0.1741	0.5777	-0.0877	0.2704	0.4215	0.0958	0.6263	1.811	-41.942	-17.659
4	1.6903	0.3924	-1.0158	2.229	-0.1264	3.4492	0.0256	0.633	0.1548	-0.3482	0.2343	-0.0145	-0.7239	0.1443	-0.1179	0.363	-0.1017	0.0519	0.6612	0.0162	0.2949	-1.771	-39.75	-65.906
5	-0.3759	0.1821	0.1053	2.0281	1.1143	1.5662	-0.2258	0.155	0.1467	0.1685	0.1377	0.0446	-0.585	0.0439	0.2197	0.6128	0.1503	-0.0417	0.3255	-0.0538	0.5314	-2.489	-16.259	-27.322
6	0.9988	0.1397	-0.5352	1.2666	-0.2054	1.6176	0.1796	0.8453	0.1579	-0.6151	0.1973	-0.6445	-1.2641	1.2878	0.0277	0.8683	-0.3549	0.2584	1.1653	-0.0926	0.6295	12.303	-34.486	-69.712

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 149:301 )	A	149 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 302:649 )	A	302 - 649
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 650:700 )	A	650 - 700
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 151:401 )	B	151 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 402:594 )	B	402 - 594
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 595:696 )	B	595 - 696

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)