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- PDB-8p1h: Crystal structure of the chimera of human 14-3-3 zeta and phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p1h
タイトルCrystal structure of the chimera of human 14-3-3 zeta and phosphorylated cytoplasmic loop fragment of the alpha7 acetylcholine receptor
要素Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta,Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 / acetylcholine receptor / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory processing / dendrite arborization / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / regulation of amyloid fibril formation / short-term memory / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / cation channel complex ...sensory processing / dendrite arborization / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / regulation of amyloid fibril formation / short-term memory / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / cation channel complex / dendritic spine organization / acetylcholine binding / chloride channel regulator activity / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / acetylcholine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor complex / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of amyloid-beta formation / modulation of excitatory postsynaptic potential / response to amyloid-beta / monoatomic ion channel activity / positive regulation of protein metabolic process / negative regulation of tumor necrosis factor production / plasma membrane raft / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / toxic substance binding / monoatomic ion transport / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / response to nicotine / synapse organization / calcium channel activity / memory / cognition / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / transmembrane signaling receptor activity / amyloid-beta binding / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / learning or memory / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / neuron projection / positive regulation of cell population proliferation / synapse / dendrite / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain ...Nicotinic acetylcholine receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / BENZOIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 14-3-3 protein zeta/delta / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Kapitonova, A.A. / Tugaeva, K.V. / Varfolomeeva, L.A. / Lyukmanova, E.N. / Sluchanko, N.N.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure reveals canonical recognition of the phosphorylated cytoplasmic loop of human alpha7 nicotinic acetylcholine receptor by 14-3-3 protein.
著者: Sluchanko, N.N. / Kapitonova, A.A. / Shulepko, M.A. / Kukushkin, I.D. / Kulbatskii, D.S. / Tugaeva, K.V. / Varfolomeeva, L.A. / Minyaev, M.E. / Boyko, K.M. / Popov, V.O. / Kirpichnikov, M.P. / Lyukmanova, E.N.
履歴
登録2023年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta,Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
B: Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta,Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,23511
ポリマ－55,6332
非ポリマー6039
水6,648369
1
A: Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta,Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
ヘテロ分子

B: Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta,Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,23511
ポリマ－55,6332
非ポリマー6039
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area3180 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area24880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.628, 103.118, 112.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta,Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7


分子量: 27816.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ, CHRNA7, NACHRA7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E7EX29, UniProt: P36544

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非ポリマー , 5種, 378分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.24 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate; 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5; 20% w/v Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→21.06 Å / Num. obs: 60333 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 525966
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 2.857 / Num. measured all: 38225 / Num. unique obs: 4146 / CC1/2: 0.49 / Rpim(I) all: 0.975 / Rrim(I) all: 3.023 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I) obs: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
Aimlessデータスケーリング
CrysalisProデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→21.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 8.41 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25325 2965 4.9 %RANDOM
Rwork0.20886 ---
obs0.21099 57226 97.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.712 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.43 Å2-0 Å20 Å2
2--2.39 Å2-0 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→21.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3734 0 41 369 4144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0123895
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0163699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7341.6415249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6551.5678507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7185494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.152530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22510705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2252.7941943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2252.7941943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.555.0192430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5495.0192431
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0793.0251952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0783.0251953
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0755.3782814
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.81229.54751
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.7927.574624
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 221 -
Rwork0.329 4070 -
obs--96.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77820.2526-0.15840.81390.13720.634-0.0636-0.0036-0.0955-0.06010.0573-0.15550.0429-0.02390.00630.02450.004-0.00840.0141-0.02730.0748-4.672-45.903-9.548
20.99120.1440.17490.58040.15570.7523-0.0604-0.04930.1267-0.0585-0.00170.0926-0.0912-0.09280.0620.03590.02180.01290.01850.00680.0684-2.866-3.19-6.812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 241
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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