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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p1g | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of inactive TtCE16 in complex with acetate | |||||||||
![]() | Carbohydrate esterase family 16 protein | |||||||||
![]() | HYDROLASE / acetyl xylan esterase / acetate | |||||||||
機能・相同性 | GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carbohydrate esterase family 16 protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dimarogona, M. / Kosinas, C. / Pentari, C. / Zerva, A. / Topakas, E. / Karampa, P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The role of CE16 exo-deacetylases in hemicellulolytic enzyme mixtures revealed by the biochemical and structural study of the novel TtCE16B esterase. 著者: Pentari, C. / Zerva, A. / Kosinas, C. / Karampa, P. / Puchart, V. / Dimarogona, M. / Topakas, E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ztnC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 B
#1: タンパク質 | 分子量: 39487.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MYCTH_40885 / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#8: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 6種, 298分子 ![](data/chem/img/B3P.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-B3P / | ||||||||
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#5: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaI, PEG 3350, Bis-Tris propane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→41.27 Å / Num. obs: 75553 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.44 Å / Num. unique obs: 3741 / CC1/2: 0.494 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.577 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.42→41.31 Å
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拘束条件 |
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