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万見
- PDB-8p0z: AP01-S2.3 - a variant of a redesigned transferrin receptor apical... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p0z
タイトルAP01-S2.3 - a variant of a redesigned transferrin receptor apical domain
要素Transferrin receptor protein 1, serum form
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / receptor domain / transferrin
機能・相同性
機能・相同性情報


transferrin receptor activity / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of mitochondrial fusion / positive regulation of isotype switching / Transferrin endocytosis and recycling / response to manganese ion / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to iron ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle ...transferrin receptor activity / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of mitochondrial fusion / positive regulation of isotype switching / Transferrin endocytosis and recycling / response to manganese ion / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to iron ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / response to copper ion / RHOB GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / response to retinoic acid / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / transport across blood-brain barrier / clathrin-coated pit / positive regulation of B cell proliferation / Hsp70 protein binding / positive regulation of T cell proliferation / response to nutrient / RAC1 GTPase cycle / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / transferrin transport / acute-phase response / positive regulation of protein-containing complex assembly / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / receptor internalization / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein localization to nucleus / cellular response to xenobiotic stimulus / recycling endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / melanosome / extracellular vesicle / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / cytoplasmic vesicle / blood microparticle / basolateral plasma membrane / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / response to hypoxia / endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome / intracellular signal transduction / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transferrin receptor protein 1/2, PA domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Peptidase M28 / Peptidase family M28
類似検索 - ドメイン・相同性
BORIC ACID / Transferrin receptor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Oberdorfer, G. / Grill, B. / Bjelic, S. / Stoll, D.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)802217European Union
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Affinity Maturated Transferrin Receptor Apical Domain Blocks Machupo Virus Glycoprotein Binding.
著者: Sjostrom, D.J. / Grill, B. / Ambrosetti, E. / Veetil, A.A. / Mohlin, C. / Teixeira, A.I. / Oberdofer, G. / Bjelic, S.
履歴
登録2023年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transferrin receptor protein 1, serum form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2884
ポリマ－18,1811
非ポリマー1083
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7980 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)32.990, 57.370, 39.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.152, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Transferrin receptor protein 1, serum form / sTfR


分子量: 18180.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFRC / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* (DE3) / 参照: UniProt: P02786
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 11 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 6.8, 150 mM NaCl mixed with 100 mM MIB buffer, pH 7.5, and 24 % PEG in a ratio 1:2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→35.95 Å / Num. obs: 10690 / % possible obs: 97.06 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 30.96 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.1036 / Rrim(I) all: 0.2192 / Net I/σ(I): 5.72
反射 シェル解像度: 1.88→1.947 Å / Rmerge(I) obs: 1.189 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 1053 / CC1/2: 0.522 / CC star: 0.828 / Rpim(I) all: 0.6386 / Rrim(I) all: 1.356 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc1_3777精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→35.95 Å / SU ML: 0.2548 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.3042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2363 535 5.02 %random selection
Rwork0.2134 10130 --
obs0.2143 10664 97.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→35.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1176 0 6 108 1290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64671751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4463484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-2.070.32861320.3282497X-RAY DIFFRACTION95.84
2.07-2.370.2841330.25432511X-RAY DIFFRACTION97.35
2.37-2.980.2411330.22822534X-RAY DIFFRACTION97.23
2.98-35.950.20671370.17872588X-RAY DIFFRACTION97.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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