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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p0o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AaNGT complexed to UDP-Gal | ||||||
要素 | Adhesin | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / N-glycosylation / Asn tautomeric form / AAD / Glycosyltransferase / GT-B | ||||||
機能・相同性 | HMW1 domain 2 / HMW1C N-terminal / HMW1C N-terminal / HMW1 domain 2 / glycosyltransferase activity / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Adhesin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aggregatibacter aphrophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Pinello, B. / Macias-Leon, J. / Rovira, C. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Molecular basis for bacterial N-glycosylation by a soluble HMW1C-like N-glycosyltransferase. 著者: Piniello, B. / Macias-Leon, J. / Miyazaki, S. / Garcia-Garcia, A. / Companon, I. / Ghirardello, M. / Taleb, V. / Veloz, B. / Corzana, F. / Miyagawa, A. / Rovira, C. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p0o.cif.gz | 522 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p0o.ent.gz | 423.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p0o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8p0o_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8p0o_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8p0o_validation.xml.gz | 53.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8p0o_validation.cif.gz | 77.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/8p0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/8p0o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8p0pC 8p0qC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70866.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aggregatibacter aphrophilus (バクテリア) 遺伝子: DOL88_00785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3M6PNT1 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: magnesium chloride, HEPES, PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→20 Å / Num. obs: 139852 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 1.796 / Num. unique obs: 20146 / CC1/2: 0.43 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 5.923 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.743 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.76→20 Å
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拘束条件 |
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