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- PDB-8p0e: Rubella virus p150 macro domain in complex with ADP-ribose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p0e
タイトルRubella virus p150 macro domain in complex with ADP-ribose
要素Non-structural polyprotein p200
キーワードHYDROLASE / Macro domain / A1pp domain / ADP-ribosylhydrolase / ADP-ribose
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / host cell membrane / RNA processing / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA helicase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity ...mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / host cell membrane / RNA processing / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA helicase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C27, rubella virus endopeptidase / Rubivirus non-structural protein, C-terminal / Rubella virus (RUBV) nonstructural (NS) protease domain / : / Rubella virus endopeptidase / Rubivirus non-structural protein / Rubella virus (RUBV) nonstructural (NS) protease domain profile. / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase ...Peptidase C27, rubella virus endopeptidase / Rubivirus non-structural protein, C-terminal / Rubella virus (RUBV) nonstructural (NS) protease domain / : / Rubella virus endopeptidase / Rubivirus non-structural protein / Rubella virus (RUBV) nonstructural (NS) protease domain profile. / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / Non-structural polyprotein p200
類似検索 - 構成要素
生物種Rubella virus (風疹ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Stoll, G.A. / Modis, Y.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021604/1 英国
Wellcome Trust217191/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust205833/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure and biochemical activity of the macrodomain from rubella virus p150.
著者: Stoll, G.A. / Nikolopoulos, N. / Zhai, H. / Zhang, L. / Douse, C.H. / Modis, Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural polyprotein p200
B: Non-structural polyprotein p200
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0204
ポリマ－39,9022
非ポリマー1,1192
水6,251347
1
A: Non-structural polyprotein p200
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5102
ポリマ－19,9511
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Non-structural polyprotein p200
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5102
ポリマ－19,9511
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.830, 87.450, 135.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-485-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Non-structural polyprotein p200


分子量: 19950.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rubella virus (風疹ウイルス) / 遺伝子: NSP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G3M8F4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.54 % / 解説: Plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 14.4% PEG 6K, 1.26 M LiCl, 0.1 M Bicine pH 9, supplemented with 10% glycerol for freezing

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月9日 / 詳細: Focussing mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→73.5 Å / Num. obs: 31161 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.594→1.774 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7965 / CC1/2: 0.621 / Rpim(I) all: 0.454 / % possible all: 68.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.20.1_4487モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROC1.0.5データ削減
STARANISO1.0.4データスケーリング
PHASER位相決定
autoPROC1.0.5data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→67.92 Å / SU ML: 0.1571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.7922
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2061 1569 5.04 %
Rwork0.1919 29590 -
obs0.1926 31159 53.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→67.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 72 347 3119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01932859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84593930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0465454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0168510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0675419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.650.439390.4026176X-RAY DIFFRACTION3.53
1.65-1.70.392270.3174511X-RAY DIFFRACTION10.32
1.7-1.770.347390.3086779X-RAY DIFFRACTION15.69
1.77-1.850.2827660.25881227X-RAY DIFFRACTION24.79
1.85-1.950.26781050.26332158X-RAY DIFFRACTION43.2
1.95-2.070.23541570.22942835X-RAY DIFFRACTION56.93
2.07-2.230.2391650.223375X-RAY DIFFRACTION67.33
2.23-2.460.24792350.21113973X-RAY DIFFRACTION79.59
2.46-2.810.23182560.20474755X-RAY DIFFRACTION94.65
2.81-3.540.21052590.18374892X-RAY DIFFRACTION96.3
3.55-67.920.16012510.16444909X-RAY DIFFRACTION93.28
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.74842545237-1.01866122047-0.3008031783951.810867453850.2807789265972.258553135020.0457620174639-0.170709593195-0.510221703126-0.188937550029-0.06192095771890.2124978927170.4171517272650.08633266245640.0356096658660.2141272177450.005682890830760.006826739765780.1979997648630.01185379831040.23476794296613.125246795114.767225599752.5144334687
23.179335374690.2822781436510.2735973907930.5371837651470.3806237341983.056295380560.0858100205774-0.426207815648-0.4551008428090.0716106321685-0.101255809637-0.1398678262810.479618353190.823788527212-0.1012331719980.2606373229860.10102107372-0.01994237870230.4562908422980.01686758707940.27707183318133.352600319513.863488957257.6502278092
32.327316972830.07440894560850.007666489915882.75031212099-0.6709980793693.19838487394-0.0801953695168-1.084025216590.3708909059450.507071542431-0.00839574126943-0.202604319974-0.6364124772830.207807686811-0.2453502319350.3309092188670.032181321115-0.08619873866170.606085854252-0.1905885738150.19146788244426.926546054724.390122770564.8422968043
44.19692455564-0.944774273842-0.2157745913161.18634524794-0.110697859193.25838517343-0.0226724942309-0.5240249255310.2835403825170.0004106524019170.024915221106-0.143628638468-0.1961573301170.180788613075-0.1498215932480.172414149502-0.005615903989820.0008752003378740.208363777042-0.03454001360580.18912647461220.747992850424.403166848456.1826504581
54.9970838145-1.35362043531-0.7108997136242.788423747070.450291790124.421182068020.111374772598-0.1947626829360.2731626808730.55023571448-0.377466032093-0.638354530528-0.2618990433320.130756086376-0.05255775768760.1978986949240.0270977558110.02355871255110.5282592015190.04946995072710.1942103114036.2592087313323.668534260464.3378157236
62.025750885160.600837197256-0.5196397194222.23707584148-0.8504409418012.50995411365-0.04757744365350.0994289849329-0.2562852981950.1424393732150.179491784728-0.1021521245770.1463544270980.182432055034-0.02747651812510.1802200536880.008973787644440.01609099336560.146322457916-0.0454261556720.20437533572137.35366410129.6270483811121.2839521115
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82.118703609660.8323066342640.5398048587771.08593164560.09970859403563.429990851080.01134559252510.04206897909210.1224773151330.05271003277220.1323672739190.1857711605-0.332801014273-0.249156430705-0.08611093955880.2096011071390.0331202995560.05984537396340.1765494540530.02062656755050.19735287828425.422648796120.104210914323.136353885
93.793573919191.083792814040.8763967159162.381080687032.098030895294.254156406990.03982438028470.5946849581560.34587912271-0.1123176211420.06012919130210.1503588149-0.5196700997450.165582404457-0.06451274575030.264943990825-0.002731456741990.04046701016070.1852270564940.03108666255020.178296841930.925812666522.024045068616.4266878354
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115.240995817040.138775214432-0.8454407539422.24183900518-1.053558956235.48230624170.1309044498490.5291582418190.274528178894-0.0916938629393-0.06637601538730.426571017895-0.2392003234110.102082535399-0.1562956651150.2097223836-0.02231687183620.003610357337140.384039458303-0.01251464379650.17324860212334.191210616418.08735579826.88491302675
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 32 )AA3 - 321 - 30
22chain 'A' and (resid 33 through 86 )AA33 - 8631 - 84
33chain 'A' and (resid 87 through 101 )AA87 - 10185 - 99
44chain 'A' and (resid 102 through 170 )AA102 - 170100 - 168
55chain 'A' and (resid 171 through 186 )AA171 - 186169 - 184
66chain 'B' and (resid 2 through 32 )BC2 - 321 - 31
77chain 'B' and (resid 33 through 99 )BC33 - 9932 - 98
88chain 'B' and (resid 100 through 142 )BC100 - 14299 - 141
99chain 'B' and (resid 143 through 155 )BC143 - 155142 - 154
1010chain 'B' and (resid 156 through 170 )BC156 - 170155 - 169
1111chain 'B' and (resid 171 through 187 )BC171 - 187170 - 186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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