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- PDB-8p0d: Human 14-3-3 sigma in complex with human MDM2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p0d
タイトルHuman 14-3-3 sigma in complex with human MDM2 peptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードPROTEIN BINDING / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / fibroblast activation / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / fibroblast activation / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / receptor serine/threonine kinase binding / Trafficking of AMPA receptors / peroxisome proliferator activated receptor binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of protein processing / SUMO transferase activity / response to iron ion / NEDD8 ligase activity / AKT phosphorylates targets in the cytosol / atrioventricular valve morphogenesis / cellular response to peptide hormone stimulus / response to steroid hormone / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / cellular response to alkaloid / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / cardiac septum morphogenesis / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / blood vessel development / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of protein catabolic process / regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to magnesium ion / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / cellular response to UV-C / cellular response to estrogen stimulus / blood vessel remodeling / phosphoserine residue binding / cellular response to actinomycin D / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein localization to nucleus / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / ribonucleoprotein complex binding / negative regulation of stem cell proliferation / protein autoubiquitination / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of mitotic cell cycle / protein sequestering activity / regulation of heart rate / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / release of cytochrome c from mitochondria / proteolysis involved in protein catabolic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / ubiquitin binding / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Stabilization of p53 / response to cocaine / establishment of protein localization / Regulation of RUNX3 expression and activity / cellular response to gamma radiation / protein destabilization / cellular response to growth factor stimulus / RING-type E3 ubiquitin transferase / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / centriolar satellite / cellular response to hydrogen peroxide / response to toxic substance / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 14-3-3 protein sigma / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Roversi, P. / Ward, J. / Doveston, R. / Kwon, H. / Romartinez Alonso, B.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust204801/Z/16/Z 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/W015803/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S019456/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M01116X/1 英国
Wellcome Trust214090/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Characterizing the protein-protein interaction between MDM2 and 14-3-3 sigma ; proof of concept for small molecule stabilization.
著者: Ward, J.A. / Romartinez-Alonso, B. / Kay, D.F. / Bellamy-Carter, J. / Thurairajah, B. / Basran, J. / Kwon, H. / Leney, A.C. / Macip, S. / Roversi, P. / Muskett, F.W. / Doveston, R.G.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6717
ポリマ－33,3892
非ポリマー2825
水6,612367
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,34314
ポリマ－66,7784
非ポリマー56510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.588, 111.824, 62.551
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 29549.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TEV protease cleavable N-terminal His-tag. Cterm Delta-17 construct
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / プラスミド: pPROEX Htb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53- ...Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 3839.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: I modified this in order to be able to submit, but please correct the sequence of the peptide: RRRAI(SEP)ETEENSDELSGERQRKRHK(SEP)DSISL
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00987, RING-type E3 ubiquitin transferase

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非ポリマー , 5種, 372分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 M HEPES pH 7.4 to 7.6, 0.19 M CaCl2, 30 to 31 % PEG 400, 5 % glycerol
PH範囲: 7.4 to 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryostream - 800 Series / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→1.33 Å / Num. obs: 69740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.31→1.33 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 3.2 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3449 / CC1/2: 0.299 / Rpim(I) all: 0.892 / Rrim(I) all: 3.324 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
xia23.8.dev0データ削減
DIALS3.dev.615-gfee771ddcデータスケーリング
BUSTER2.10.4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.31→18.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU R Cruickshank DPI: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.051 / SU Rfree Blow DPI: 0.054 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.05
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2036 3384 -RANDOM
Rwork0.1775 ---
obs0.1788 69663 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6563 Å20 Å20 Å2
2--0.8142 Å20 Å2
3---1.8421 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→18.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1912 0 16 367 2295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0124203HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.177639HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1350SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes699HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4203HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion285SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4940SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.66
LS精密化 シェル解像度: 1.31→1.32 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3331 75 -
Rwork0.3468 --
obs0.3461 1394 99.56 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2805-0.14340.11450.3325-0.12070.3632-0.0430.0402-0.04590.04020.03380.0452-0.04590.04520.0092-0.01880.0081-0.0007-0.0231-0.0059-0.014-23.89-16.66698.323
210.7128-1.75442.908621.20873.01684.54680.07310.0936-0.09970.09360.17640.3592-0.09970.3592-0.24940.02560.01970.01480.03120.04420.0524-14.3893-14.431510.2068
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A-3 - 231
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B164 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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