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万見
- PDB-8p0b: Thogoto virus polymerase in Mode B conformation and bound to 32-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p0b
タイトルThogoto virus polymerase in Mode B conformation and bound to 32-mer loop promoter RNA
要素
  • 3'RNA
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / Thogoto / viral RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Polymerase basic protein 2 (PB2), '627' domain / Polymerase basic protein 2, cap-binding domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain ...: / : / Polymerase basic protein 2 (PB2), '627' domain / Polymerase basic protein 2, cap-binding domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Cusack, S. / Kouba, T.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thogoto virus polymerase
著者: Kouba, T. / Cusack, S.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
R: 3'RNA
V: 3'RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,6355
ポリマ－261,6355
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area26280 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area52790 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / PA / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 71551.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
遺伝子: Segment 3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P27194
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 81476.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
遺伝子: Segment 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O41353, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / PB2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 88172.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
遺伝子: Segment 1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9YNA4
#4: RNA鎖 3'RNA


分子量: 10217.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.240 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 49 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114184 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00221691
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49739227
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.2993662
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371692
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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