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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p02 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with product, benzoyl-CoA | ||||||
![]() | Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / prFMN / plastic degradation / Phthalates / anaerobic / light sensitive / Co-enzyme A / decarboxylase / benzoyl CoA / product bound | ||||||
機能・相同性 | benzoyl coenzyme A / hydroxylated prenyl-FMN / : / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
![]() | Kayastha, K. / Ermler, U. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with product, benzoyl-CoA 著者: Kayastha, K. / Ermler, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 538.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 449.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17324MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 57682.492 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 詳細: Pcd monomers bound with co-factors prFMN, Fe, K and reaction product, Benzoyl-CoA. 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 95分子 ![](data/chem/img/BYC.gif)
![](data/chem/img/BYN.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BYN.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-BYC / #3: 化合物 | ChemComp-BYN / #4: 化合物 | ChemComp-FE / #5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | ChemComp-K / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with benzoyl-CoA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.36 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.38 sec. / 電子線照射量: 52.27 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6743 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2081809 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 821681 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: pdb from the first holo-complex was used / Source name: Other / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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