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万見
- PDB-8ozz: PH domain of AKT-like kinase in Trypanosoma cruzi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ozz
タイトルPH domain of AKT-like kinase in Trypanosoma cruzi
要素PH domain of Akt-like kinase in Trypanosoma cruzi
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PH domain / AKT-like/RAC/PKB / kinase / Trypanosoma cruzi
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Serine/Threonine Kinase AGC, catalytic domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Protein kinase domain ...Serine/Threonine Kinase AGC, catalytic domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Rac serine-threonine kinase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法溶液NMR / na
データ登録者Stadler, K.A. / Ortiz-Joya, L.J. / Zangger, K. / Gubensaek, N.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundFWF T-1239 オーストリア
Austrian Science FundDOC 50 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Structural investigation of Trypanosoma cruzi Akt-like kinase as drug target against Chagas disease.
著者: Stadler, K.A. / Ortiz-Joya, L.J. / Singh Sahrawat, A. / Buhlheller, C. / Gruber, K. / Pavkov-Keller, T. / O'Hagan, T.B. / Guarne, A. / Pulido, S. / Marin-Villa, M. / Zangger, K. / Gubensak, N.
履歴
登録2023年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PH domain of Akt-like kinase in Trypanosoma cruzi


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4941
ポリマ－13,4941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PH domain of Akt-like kinase in Trypanosoma cruzi


分子量: 13494.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: Tc00.1047053509047.110 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4D6D3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HN(CO)CA
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D HN(COCA)CB
171isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D H(CCO)NH
183isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1103isotropic13D 1H-13C NOESY
1113isotropic12D 1H-13C HSQC
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-13C; U-15N] PH domain of AKT-like kinase in Trypanosoma cruzi, 50 mM KPi, 100 mM NaCl, 90% H2O/10% D2O15N-/13C-labeled sample 0.5 mM90% H2O/10% D2O
solution30.46 mM [U-13C; U-15N] PH domain of AKT-like kinase in Trypanosoma cruzi, 50 mM KPi, 100 mM NaCl, 100% D2O15N-/13C-labeled sample in D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMPH domain of AKT-like kinase in Trypanosoma cruzi[U-13C; U-15N]1
50 mMKPinone1
100 mMNaClnone1
0.46 mMPH domain of AKT-like kinase in Trypanosoma cruzi[U-13C; U-15N]3
50 mMKPinone3
100 mMNaClnone3
試料状態イオン強度: 100,08 mM / Label: Conditions / pH: 6.5 / 圧: 1,01325 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: TCI Cryo Probe 5 mm

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.4.2.CCPNchemical shift assignment
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
精密化手法: na / ソフトェア番号: 2 / 詳細: fragment selection and full-atom relaxation
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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