PDB-8ozw: Imine Reductase from Ajellomyces dermatitidis in complex NADPH4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ozw

タイトル

Imine Reductase from Ajellomyces dermatitidis in complex NADPH4

要素

Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Imine reductase / Amine / Dehydrogenase / NADP

機能・相同性

3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NADP binding / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / Chem-TXP / Oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Blastomyces dermatitidis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Sharma, M. / Grogan, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Structure of the imine reductase from Ajellomyces dermatitidis in three crystal forms.
著者: Sharma, M. / Cuetos, A. / Willliams, A. / Gonzalez-Martinez, D. / Grogan, G.

履歴

登録	2023年5月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ozw.cif.gz	125.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ozw.ent.gz	94.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ozw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ozw_validation.pdf.gz	901.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ozw_full_validation.pdf.gz	904.7 KB	表示
XML形式データ	8ozw_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	8ozw_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8ozw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8ozw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ozvC 8p2jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxidoreductase

B: Oxidoreductase

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.390, 89.390, 136.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Oxidoreductase 分子量: 30128.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Blastomyces dermatitidis (菌類) / 遺伝子: BDCG_07742 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5GTJ9
#2: 化合物	ChemComp-TXP / 1,4,5,6-TETRAHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE 分子量: 747.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₁H₃₂N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M PCTP pH 4.0; 25% (w/v) PEG 1500; protein at 10 mg per mL with 2 mM NADPH4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→77.41 Å / Num. obs: 42264 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 2.01→2.06 Å / R_merge(I) obs: 1.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3099 / CC_1/2: 0.64 / R_pim(I) all: 0.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→77.41 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	-	-
R_work	0.2	-	-
obs	-	42264	98.8 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→77.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4132	0	52	366	4550

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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