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万見
- PDB-8ozd: cryoEM structure of SPARTA complex dimer-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ozd
タイトルcryoEM structure of SPARTA complex dimer-3
要素
  • DNA (16-MER)
  • Piwi domain-containing protein
  • RNA (18-MER)
  • TIR domain-containing protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SPARTA / TIR / prokaryotic argonaute
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / signal transduction
類似検索 - 分子機能
TIR domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Piwi domain-containing protein / TIR domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Maribacter polysiphoniae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Ekundayo, B. / Ni, D.C. / Lu, X.H. / Stahlberg, H.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationCRSII5_177195 スイス
Swiss National Science FoundationIZLCZ0_206089 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Activation mechanism of a short argonaute-TIR prokaryotic immune system.
著者: Dongchun Ni / Xuhang Lu / Henning Stahlberg / Babatunde Ekundayo /
要旨: Short prokaryotic argonaute (pAgo) and toll/interleukin-1 receptor/resistance protein (TIR)-analog of PAZ (APAZ) form a heterodimeric SPARTA complex that provides immunity to its prokaryotic host ...Short prokaryotic argonaute (pAgo) and toll/interleukin-1 receptor/resistance protein (TIR)-analog of PAZ (APAZ) form a heterodimeric SPARTA complex that provides immunity to its prokaryotic host through an abortive infection mechanism. Monomeric SPARTA senses foreign RNA/DNA duplexes to assemble an active tetramer resulting in cell death by nicotinamide adenine dinucleotide (oxidized form) (NAD) depletion via an unknown mechanism. We report nine structures of SPARTA in different functional states at a resolution range of 4.2 to 2.9 angstroms, revealing its activation mechanism. Inactive SPARTA monomers bind to RNA/DNA duplexes to form symmetric dimers mediated by the association of Ago subunits. The initiation of tetramer assembly induces flexibility of the TIR domains enabling a symmetry-breaking rotational movement of a TIR domain in the dimer units which facilitates the TIR oligomerization, resulting in the formation of the substrate binding pocket and the activation of the SPARTA complex's NADase activity. Our findings provide detailed structural and mechanistic insights into activating a short argonaute defense system.
履歴
登録2023年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIR domain-containing protein
B: Piwi domain-containing protein
I: RNA (18-MER)
F: RNA (18-MER)
J: DNA (16-MER)
E: DNA (16-MER)
C: TIR domain-containing protein
D: Piwi domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,5898
ポリマ－243,5898
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area26320 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area80910 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 TIR domain-containing protein


分子量: 53270.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Maribacter polysiphoniae (バクテリア)
遺伝子: LX92_01810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A316E683
#2: タンパク質 Piwi domain-containing protein


分子量: 58091.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Maribacter polysiphoniae (バクテリア)
遺伝子: LX92_01809 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A316E3U6
#3: RNA鎖 RNA (18-MER)


分子量: 5466.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Maribacter polysiphoniae (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA (16-MER)


分子量: 4966.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Maribacter polysiphoniae (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: a prokaryotic argonaute-TIR abortive immunity system
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.35 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Maribacter polysiphoniae (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC初期オイラー角割当
14cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25123 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00216534
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56422634
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.8892664
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412484
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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