PDB-8oz9: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oz9

タイトル

Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound QUI-SV-383

要素

Chemotaxis protein CheA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / inhibitor / Transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / chemotaxis / protein domain specific binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Adhav, A. / Marina, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound QUI-SV-383
著者: Adhav, A. / Marina, A.

履歴

登録	2023年5月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oz9.cif.gz	373.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oz9.ent.gz	233.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oz9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8oz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8oz9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5)

登録構造単位

B: Chemotaxis protein CheA

A: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: In silico studies followed by biophysical methods like Microscale thermophoresis were used to assess the binding of the fragment to CheA.
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.113, 59.773, 66.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.154, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 5 - 189 / Label seq-ID: 5 - 189

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Chemotaxis protein CheA 分子量: 21079.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: cheA, TM_0702 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56310, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-W6E / 7-(1~{H}-1,2,3-triazol-5-yl)quinazolin-2-amine 分子量: 212.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₈N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.14 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979182 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979182 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→66.09 Å / Num. obs: 62916 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.031 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 1.4→1.436 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.155 / Num. unique obs: 4374 / CC_1/2: 0.982 / R_pim(I) all: 0.113 / R_rim(I) all: 0.193

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→66.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 1.726 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	3120	4.961 %
R_work	0.1578	59772	-
all	0.159	-	-
obs	-	62892	99.716 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.385 Å²	-0 Å²	0.207 Å²
2-	-	-0.044 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.366 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→66.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2707	0	32	190	2929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.672	1.644	3777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.549	1.577	6501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.309	5	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.097	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.143	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.184	10	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.583	10	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.326	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.276	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.013	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.491	1.633	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.488	1.634	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.068	2.932	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.07	2.934	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.997	2.104	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.997	2.104	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.643	3.662	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.643	3.661	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.168	20.765	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.074	20.099	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.628	3	5626
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.124	0.05	5140

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12398	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12398	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.203	244	0.132	4374	0.136	4623	0.977	0.99	99.8918	0.113
1.436-1.476	0.193	224	0.123	4329	0.126	4564	0.979	0.991	99.759	0.105
1.476-1.518	0.186	231	0.117	4157	0.121	4401	0.979	0.992	99.7046	0.1
1.518-1.565	0.161	211	0.107	4034	0.11	4256	0.985	0.993	99.7415	0.094
1.565-1.616	0.17	188	0.114	3945	0.116	4144	0.982	0.992	99.7346	0.1
1.616-1.673	0.162	211	0.11	3780	0.112	4004	0.983	0.993	99.6753	0.099
1.673-1.736	0.179	205	0.124	3634	0.127	3855	0.981	0.991	99.585	0.115
1.736-1.807	0.204	171	0.132	3572	0.135	3754	0.976	0.989	99.707	0.125
1.807-1.887	0.194	183	0.14	3377	0.143	3574	0.977	0.988	99.6083	0.137
1.887-1.979	0.195	168	0.141	3243	0.143	3415	0.977	0.988	99.8829	0.142
1.979-2.086	0.173	137	0.151	3102	0.152	3246	0.982	0.987	99.7843	0.156
2.086-2.213	0.186	152	0.155	2958	0.156	3115	0.979	0.986	99.8395	0.164
2.213-2.365	0.205	140	0.156	2744	0.158	2889	0.975	0.986	99.8269	0.17
2.365-2.555	0.191	137	0.164	2563	0.165	2710	0.975	0.984	99.631	0.183
2.555-2.798	0.212	122	0.167	2354	0.169	2487	0.97	0.983	99.5577	0.192
2.798-3.128	0.162	96	0.185	2149	0.184	2252	0.983	0.978	99.6892	0.217
3.128-3.61	0.241	110	0.191	1880	0.194	2000	0.967	0.978	99.5	0.225
3.61-4.418	0.173	88	0.163	1603	0.163	1698	0.979	0.985	99.5878	0.208
4.418-6.235	0.201	69	0.185	1247	0.186	1321	0.984	0.984	99.6215	0.235
6.235-66.09	0.215	33	0.21	726	0.21	762	0.978	0.974	99.6063	0.301

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