PDB-8oz8: Crystal Structure of an Hydroxynitrile lyase variant (H96A) from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oz8

タイトル

Crystal Structure of an Hydroxynitrile lyase variant (H96A) from Granulicella tundricola

要素

Cupin 2 conserved barrel domain protein

キーワード

LYASE / Hydroxynitrile lyase / cupin / beta-barrel / ozonolysis / peroxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

(R)-mandelonitrile lyase / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Granulicella tundricola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Bento, I. / Coloma, J. / Hagedoorn, P.-L. / Hanefeld, U.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Can a Hydroxynitrile Lyase Catalyze an Oxidative Cleavage?
著者: Coloma, J. / Hagedoorn, P.L. / Bento, I. / Hanefeld, U.

履歴

登録	2023年5月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oz8.cif.gz	384.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oz8.ent.gz	262 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8oz8_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oz8_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8oz8_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	8oz8_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8oz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8oz8	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cupin 2 conserved barrel domain protein

B: Cupin 2 conserved barrel domain protein

C: Cupin 2 conserved barrel domain protein

D: Cupin 2 conserved barrel domain protein

ヘテロ分子

58.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Cupin 2 conserved barrel domain protein

B: Cupin 2 conserved barrel domain protein

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A: Cupin 2 conserved barrel domain protein

B: Cupin 2 conserved barrel domain protein

C: Cupin 2 conserved barrel domain protein

D: Cupin 2 conserved barrel domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS
117 kDa, 8 ポリマー
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2

A: Cupin 2 conserved barrel domain protein

B: Cupin 2 conserved barrel domain protein

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ヘテロ分子

A: Cupin 2 conserved barrel domain protein

B: Cupin 2 conserved barrel domain protein

C: Cupin 2 conserved barrel domain protein

D: Cupin 2 conserved barrel domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
117 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.049, 152.049, 109.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-433- HOH
2	1	A-444- HOH
3	1	B-471- HOH
4	1	C-438- HOH
5	1	C-452- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Cupin 2 conserved barrel domain protein 分子量: 14200.868 Da / 分子数: 4 / 変異: H96A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Granulicella tundricola (バクテリア) 遺伝子: AciX9_0562 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8WYN5

-
非ポリマー , 7種, 660分子

#2: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NM2 / 3-CARBOXY-N,N,N-TRIMETHYLPROPAN-1-AMINIUM / ブチロベタイン分子量: 146.207 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₄
#6: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: KBr, PEG 2000 MME, natrium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月15日

放射

モノクロメーター: Oxford-FMB / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→131.68 Å / Num. obs: 64090 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.22 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.246 / R_pim(I) all: 0.111 / R_rim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
9.06-131.68	9.6	0.065	656	0.997	0.028	0.071	99.8
1.85-1.89	11.5	2.258	3897	0.563	1.001	2.472

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→65.84 Å / SU ML: 0.1963 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.6401
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	3232	5.05 %
R_work	0.1638	60806	-
obs	0.1653	64038	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→65.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4008	0	72	646	4726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	4225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7548	5763
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	596
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.4233	594

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.88	0.3371	137	0.2902	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.88-1.91	0.3209	131	0.2701	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.91-1.94	0.2669	124	0.2404	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2488	152	0.2288	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.97-2.01	0.2657	165	0.2032	2569	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.01-2.05	0.2306	170	0.192	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.05-2.09	0.1964	140	0.182	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2083	141	0.1739	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.13-2.18	0.2094	147	0.1719	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.18-2.24	0.2207	139	0.1701	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.3	0.2111	126	0.161	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.3-2.37	0.2382	149	0.1637	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.44	0.2248	126	0.1581	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.44-2.53	0.2056	141	0.1564	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.63	0.2065	136	0.1608	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.63-2.75	0.2029	121	0.1554	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.9	0.1928	138	0.1561	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.08	0.1905	132	0.1696	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.31	0.194	134	0.1585	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.31-3.65	0.1807	137	0.1539	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-4.18	0.1657	166	0.14	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.18-5.26	0.1306	140	0.1186	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
5.26-65.84	0.1926	140	0.1843	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.68564483102	5.02360876933	6.55633405762	6.07528821553	6.4114726515	9.76704031672	0.30349364338	0.181456737466	-0.321846700828	0.210984731877	0.20670598492	-0.19489135321	-0.070363611668	0.330950403317	-0.483646945	0.254365568268	0.00425058705841	-0.0442760565667	0.230800279692	0.0100423230977	0.334931175704	42.9747438312	5.58669452278	-3.74876829497
2	7.48602827064	-4.65472576003	-2.20451606674	3.41185538294	1.8860522833	1.18223582154	-0.290830749108	0.159871623637	-0.663076904779	0.332692558454	0.0029798966871	0.296518312453	0.415152313037	-0.254963124386	0.2690475502	0.259217256138	-0.0168250769533	0.027920847534	0.246727579654	0.0591148441757	0.423160335217	20.2423269628	9.75033919487	1.81403951491
3	4.94038576733	-1.61722045349	3.92960661842	0.983945325029	-0.753773300941	4.73323284841	0.137939036697	-0.135314540268	-0.395411307915	0.105173555465	0.0682760079568	0.0998881911175	0.158873184126	0.0779265428339	-0.237680743824	0.219685124714	-0.00273230782112	0.00229290047023	0.211900330259	0.0541241352859	0.277628862888	34.2864280447	10.9707024134	3.96120389309
4	2.10936064097	-0.849574695372	0.422485318855	0.875717253741	-0.00173273671544	1.08828202346	-0.0796239260882	-0.111913785837	-0.211370635083	0.122042966914	0.0918420579252	0.13805288932	0.0300277267336	-0.0396149722988	-0.0506984954817	0.219994563808	0.00784063154696	0.042581154077	0.209638904877	0.0442057404554	0.24917852719	24.7824174769	21.3076612341	5.10778805602
5	2.11075596266	0.309673430303	0.170726749476	0.992199922354	0.0110723243864	0.167065374041	-0.0337928505202	-0.176520904011	-0.0593642294725	0.172828989049	0.0895719473565	0.214515961412	-0.0420443218355	-0.0346998881485	-0.0455091231836	0.244041053955	0.0265268856785	0.0379249767793	0.209438513635	0.0361556317605	0.267590735521	26.5432338405	24.0950513283	5.06080045277
6	6.15486608505	-5.34810538886	4.6063546012	7.09518618917	-3.22669587223	5.20743518314	-0.0640143386825	-0.943117595414	-1.34614925425	0.190404709919	0.319296137802	-0.0923358275695	0.578153716191	0.142807135586	-0.133076888283	0.390966532763	0.065348202154	0.127194493018	0.352963423079	0.143600627287	0.597622220702	28.2316482144	11.267818929	15.3101893633
7	2.34530738706	3.01644195699	-4.37558118748	3.97442369006	-5.73948866632	8.28355769161	-0.0228933373791	0.209630111343	0.470558300179	0.175541002436	0.164839086599	0.894919591823	-0.243066550659	-0.74840318326	-0.411191930659	0.232359659277	0.0340091260603	0.0151566482228	0.31404269223	0.0473609935673	0.425788015598	12.6078585307	23.3013140297	5.26484871645
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9	2.8578534752	1.89668332766	2.69247299944	5.06140854631	4.34616930282	4.26784180779	0.110010919223	-0.357150880466	0.0461465880413	0.253114919997	-0.152883066573	0.084171326372	-0.0999708290581	-0.359691460639	0.0563753481849	0.281698173909	-0.0362361046279	0.025186991568	0.277153707372	0.0184253620451	0.171844069269	29.3179162877	47.8713611059	15.3270474925
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精密化 TLSグループ

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24	24	chain 'D' and (resid 45 through 111 )	D	J	45 - 111	45 - 111
25	25	chain 'D' and (resid 112 through 121 )	D	J	112 - 121	112 - 121
26	26	chain 'D' and (resid 122 through 131 )	D	J	122 - 131	122 - 131

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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