PDB-8oyz: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oyz

タイトル

Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK10

要素

Chemotaxis protein CheA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / inhibitor / Transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / chemotaxis / protein domain specific binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Adhav, A. / Marina, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK10
著者: Adhav, A. / Marina, A.

履歴

登録	2023年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oyz.cif.gz	354.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oyz.ent.gz	220 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oyz_validation.pdf.gz	942.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oyz_full_validation.pdf.gz	945.1 KB	表示
XML形式データ	8oyz_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	8oyz_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/8oyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/8oyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5)

登録構造単位

B: Chemotaxis protein CheA

A: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

42.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: In silico studies followed by biophysical methods like Microscale thermophoresis were used to assess the binding of the fragment to CheA.
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

3

A: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.958, 59.133, 66.837
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.041, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 5 - 189 / Label seq-ID: 5 - 189

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Chemotaxis protein CheA 分子量: 21079.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: cheA, TM_0702 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56310, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-WXC / 2-azanyl-7,8-dihydro-6~{H}-quinazolin-5-one 分子量: 163.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.45 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→66.333 Å / Num. obs: 26744 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.898 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.161 / Num. unique obs: 1883 / CC_1/2: 0.991 / R_pim(I) all: 0.105 / R_rim(I) all: 0.193

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→66.333 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / WR_factor R_free: 0.253 / WR_factor R_work: 0.197 / SU B: 7.057 / SU ML: 0.107 / Average fsc free: 0.959 / Average fsc work: 0.9772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	1282	4.796 %
R_work	0.1902	25447	-
all	0.193	-	-
obs	-	26729	98.352 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.086 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.089 Å²	-0 Å²	-0.049 Å²
2-	-	-0.855 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.927 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→66.333 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2683	0	24	165	2872

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.012	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.167	1.645	3681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.71	1.577	6340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.861	5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.653	4.636	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.38	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.29	10	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.458	10	121
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	2488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.784	1.043	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.763	1.043	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.574	1.854	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.582	1.856	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.4	1.526	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.4	1.527	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.124	2.582	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.123	2.583	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.559	14.624	3050
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.538	14.427	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.131	0.05	5054

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13101	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13101	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.286	94	0.226	1883	0.229	1985	0.955	0.973	99.597	0.189
1.898-1.95	0.294	95	0.213	1856	0.217	1966	0.952	0.975	99.237	0.184
1.95-2.006	0.253	96	0.185	1759	0.188	1867	0.964	0.98	99.3573	0.161
2.006-2.068	0.267	88	0.186	1741	0.19	1847	0.961	0.978	99.0254	0.17
2.068-2.136	0.263	80	0.186	1663	0.19	1770	0.956	0.977	98.4746	0.171
2.136-2.211	0.293	90	0.201	1610	0.206	1711	0.944	0.974	99.3571	0.189
2.211-2.294	0.226	65	0.191	1624	0.192	1697	0.966	0.977	99.5286	0.178
2.294-2.388	0.299	71	0.189	1521	0.194	1598	0.929	0.976	99.6245	0.179
2.388-2.494	0.233	69	0.21	1475	0.211	1550	0.957	0.97	99.6129	0.204
2.494-2.615	0.244	59	0.187	1395	0.189	1465	0.959	0.978	99.2491	0.192
2.615-2.757	0.262	60	0.195	1308	0.198	1415	0.959	0.977	96.6785	0.205
2.757-2.923	0.21	68	0.183	1244	0.184	1322	0.969	0.98	99.2436	0.194
2.923-3.125	0.232	67	0.176	1186	0.179	1258	0.968	0.98	99.6025	0.191
3.125-3.375	0.286	57	0.193	1104	0.198	1169	0.95	0.977	99.3157	0.211
3.375-3.696	0.234	50	0.194	1021	0.196	1077	0.971	0.978	99.4429	0.214
3.696-4.13	0.199	48	0.17	699	0.172	968	0.978	0.984	77.1694	0.195
4.13-4.766	0.146	38	0.153	820	0.152	860	0.991	0.987	99.7674	0.186
4.766-5.83	0.228	30	0.196	706	0.197	743	0.969	0.984	99.0579	0.241
5.83-8.213	0.298	36	0.237	526	0.241	581	0.952	0.973	96.7298	0.275
8.213-66.333	0.232	21	0.191	306	0.194	328	0.971	0.977	99.6951	0.255

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4332	0.1088	-0.3477	0.3491	-0.0961	1.1572	-0.0026	0.0029	-0.0077	-0.0075	-0.0156	0.0108	0.0059	0.0596	0.0182	0.0029	0.0048	-0.0132	0.0946	0.0034	0.0685	-18.9611	18.3728	27.5211
2	0.9984	0.1831	-0.2405	0.7509	-0.1936	0.2515	0.0127	0.0256	-0.0341	-0.0361	-0.0052	0.0427	0.0355	-0.0066	-0.0075	0.016	-0.0051	-0.022	0.0885	-0.0087	0.0614	1.3047	-4.8009	7.5017

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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