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万見
- PDB-8oyr: DNA Major Groove Binding by lambda-[Ru(phen)2(phi)]2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oyr
タイトルDNA Major Groove Binding by lambda-[Ru(phen)2(phi)]2+
要素DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
キーワードDNA / Major Groove / B-DNA / Ruthenium complex / ruthenium polypyridyl / decamer / small molecule
機能・相同性STRONTIUM ION / : / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Prieto-Otoya, T.D. / Cardin, C.J. / McQuaid, K.T. / Paterson, N.G.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission861381European Union
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Probing a Major DNA Weakness: Resolving the Groove and Sequence Selectivity of the Diimine Complex Lambda-[Ru(phen) 2 phi] 2.
著者: Prieto Otoya, T.D. / McQuaid, K.T. / Hennessy, J. / Menounou, G. / Gibney, A. / Paterson, N.G. / Cardin, D.J. / Kellett, A. / Cardin, C.J.
履歴
登録2023年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2186
ポリマ－3,0461
非ポリマー2,1725
水1448
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,43712
ポリマ－6,0922
非ポリマー4,34510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)56.990, 56.990, 30.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

V7F

21A-101-

V7F

31A-103-

V7F

41A-203-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-V7F / ruthenium polypyridyl complex (lambda enantiomer)


分子量: 665.707 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H24N6Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.13 % / 解説: red octahedron
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.04 M Strontium Chloride hexahydrate, 0.02 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 10% w/v MPD, 0.006 M spermine tetrahydrochloride, 0.01 M Magnesium chloride hexahydrate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763, 0.5585
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97631
20.55851
反射解像度: 2.21→56.98 Å / Num. obs: 4817 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 9.99 / Mean I/σ(I) obs: 0 / Num. unique obs: 132 / CC1/2: 0.094 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.21→19.66 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 52.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 419 10.04 %
Rwork0.2296 --
obs0.2333 2817 85.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→19.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 137 8 347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.749632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.961120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.530.4235860.4445837X-RAY DIFFRACTION57
2.53-3.190.5371640.4311443X-RAY DIFFRACTION100
3.19-19.660.22981690.20031473X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.4673 Å / Origin y: -12.4356 Å / Origin z: 19.1812 Å
111213212223313233
T0.8473 Å20.0528 Å2-0.0384 Å2-0.8365 Å2-0.0072 Å2--0.4924 Å2
L7.293 °24.2552 °2-5.3051 °2-3.8071 °2-3.2262 °2--5.988 °2
S0.4411 Å °-1.637 Å °0.0421 Å °0.2815 Å °-0.6118 Å °0.0785 Å °-0.602 Å °0.8204 Å °0.2476 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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