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- PDB-8oyl: Coiled-Coil Domain of Human STIL, Q729L Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oyl
タイトルCoiled-Coil Domain of Human STIL, Q729L Mutant
要素SCL-interrupting locus protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / STIL / coiled coil / tetramer / antiparallel
機能・相同性
機能・相同性情報


floor plate development / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / embryonic axis specification / positive regulation of spindle assembly / notochord development / determination of left/right symmetry / protein localization to centrosome / neural tube development ...floor plate development / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / embryonic axis specification / positive regulation of spindle assembly / notochord development / determination of left/right symmetry / protein localization to centrosome / neural tube development / smoothened signaling pathway / heart looping / centrosome duplication / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / forebrain development / regulation of mitotic spindle organization / centriole / mitotic spindle organization / neural tube closure / multicellular organism growth / cell cortex / in utero embryonic development / centrosome / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SCL-interrupting locus protein / SCL-interrupting locus protein N-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SCL-interrupting locus protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Martin, F.J.O. / Shamir, M. / Woolfson, D.N. / Friedler, A.
資金援助European Union, 英国, イスラエル, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)340764European Union
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB R00661X 1 英国
Israel Science Foundation939/14 イスラエル
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Molecular Mechanism of STIL Coiled-Coil Domain Oligomerization.
著者: Shamir, M. / Martin, F.J.O. / Woolfson, D.N. / Friedler, A.
履歴
登録2023年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2023年10月18日ID: 7QXH
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCL-interrupting locus protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1587
ポリマ－3,8031
非ポリマー3546
水21612
1
A: SCL-interrupting locus protein
ヘテロ分子

A: SCL-interrupting locus protein
ヘテロ分子

A: SCL-interrupting locus protein
ヘテロ分子

A: SCL-interrupting locus protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,63028
ポリマ－15,2134
非ポリマー1,41724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area6550 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.974, 34.942, 72.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

NA

21A-102-

CD

31A-210-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド SCL-interrupting locus protein / TAL-1-interrupting locus protein


分子量: 3803.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15468
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 1.5 mM peptide, 50 mM Cadmium chloride hemi(pentahydrate), 50 mM Sodium acetate, and 15 % v/v PEG 400, at pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→31.46 Å / Num. obs: 2609 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.92→2 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 280 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.152 / Rrim(I) all: 0.38 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.92→31.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 7.136 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18954 270 10.4 %RANDOM
Rwork0.14916 ---
obs0.15335 2338 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.162 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å2-0 Å20 Å2
2--1.49 Å2-0 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.92→31.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数268 0 6 12 286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.012268
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.016273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.64360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4191.559623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.071531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.50954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.971049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0251.647127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0221.645127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5672.938157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5762.948158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1972.065141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1932.071142
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.773.636204
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.07224.151027
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.97623.581021
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.3253541
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 20 -
Rwork0.16 161 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.9407 Å / Origin y: 11.519 Å / Origin z: 34.9292 Å
111213212223313233
T0.0286 Å2-0.0001 Å20.0036 Å2-0.0145 Å20.0059 Å2--0.0214 Å2
L0.1765 °20.1972 °2-1.1283 °2-0.4044 °2-1.75 °2--9.2713 °2
S-0.029 Å °-0.0036 Å °-0.0193 Å °0.0287 Å °-0.0257 Å °-0.0259 Å °-0.0225 Å °-0.0073 Å °0.0547 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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