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万見
- PDB-8oy5: Time-resolved SFX structure of the class II photolyase complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oy5
タイトルTime-resolved SFX structure of the class II photolyase complexed with a thymine dimer (1 nanosecond pump-probe delay)
要素
  • COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE
  • CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE
  • Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
キーワードLYASE / DNA binding protein / DNA repair enzyme / flavoprotein / photoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA photolyase class 2 / : / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / DNA / DNA (> 10) / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Lane, T.J. / Christou, N.-E. / Melo, D.V.M. / Apostolopoulou, V. / Pateras, A. / Mashhour, A.R. / Galchenkova, M. / Gunther, S. / Reinke, P. / Kremling, V. ...Lane, T.J. / Christou, N.-E. / Melo, D.V.M. / Apostolopoulou, V. / Pateras, A. / Mashhour, A.R. / Galchenkova, M. / Gunther, S. / Reinke, P. / Kremling, V. / Oberthuer, D. / Henkel, A. / Sprenger, J. / Scheer, T.E.S. / Lange, E. / Yefanov, O.N. / Middendorf, P. / Sellberg, J.A. / Schubert, R. / Fadini, A. / Cirelli, C. / Beale, E.V. / Johnson, P. / Dworkowski, F. / Ozerov, D. / Bertrand, Q. / Wranik, M. / Zitter, E.D. / Turk, D. / Bajt, S. / Chapman, H. / Bacellar, C.
資金援助 ドイツ, スイス, 2件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Time-resolved crystallography captures light-driven DNA repair.
著者: Christou, N.E. / Apostolopoulou, V. / Melo, D.V.M. / Ruppert, M. / Fadini, A. / Henkel, A. / Sprenger, J. / Oberthuer, D. / Gunther, S. / Pateras, A. / Rahmani Mashhour, A. / Yefanov, O.M. / ...著者: Christou, N.E. / Apostolopoulou, V. / Melo, D.V.M. / Ruppert, M. / Fadini, A. / Henkel, A. / Sprenger, J. / Oberthuer, D. / Gunther, S. / Pateras, A. / Rahmani Mashhour, A. / Yefanov, O.M. / Galchenkova, M. / Reinke, P.Y.A. / Kremling, V. / Scheer, T.E.S. / Lange, E.R. / Middendorf, P. / Schubert, R. / De Zitter, E. / Lumbao-Conradson, K. / Herrmann, J. / Rahighi, S. / Kunavar, A. / Beale, E.V. / Beale, J.H. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Ozerov, D. / Bertrand, Q. / Wranik, M. / Bacellar, C. / Bajt, S. / Wakatsuki, S. / Sellberg, J.A. / Huse, N. / Turk, D. / Chapman, H.N. / Lane, T.J.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
B: Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
C: CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE
D: COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE
E: CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE
F: COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,8769
ポリマ－131,2056
非ポリマー1,6713
水3,315184
1
A: Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
C: CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE
D: COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4865
ポリマ－65,6023
非ポリマー8842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21950 Å2
手法PISA
2
B: Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
E: CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE
F: COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3904
ポリマ－65,6023
非ポリマー7881
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.200, 117.760, 170.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Deoxyribodipyrimidine photo-lyase / DNA photolyase


分子量: 57039.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei Go1 (古細菌) / 遺伝子: MM_0852 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PYK9, deoxyribodipyrimidine photo-lyase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 CPD-COMPRISING OLIGONUCLEOTIDE


分子量: 4256.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 COUNTERSTRAND-OLIGONUCLEOTIDE


分子量: 4305.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 187分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 100 mM Amm sulfate, 100 mM Acetate pH 4.6, 4% PEG 4000, 10 mM Tris pH 7.5, 75 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.035 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.035 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→31.29 Å / Num. obs: 66144 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1670.681664 % / Biso Wilson estimate: 49.39 Å2 / CC1/2: 0.991959 / CC star: 0.9979796 / R split: 0.0646 / Net I/σ(I): 13.374705 / Num. measured all: 110505568
反射 シェル

% possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC starR split
4.8852-6.14633420.332.69340534050.9939410.9984790.041
4.2699-4.88522939.432.17335933590.9956690.9989140.04
3.879-4.26992638.330.12332833280.988690.9971520.043
3.6023-3.8792465.222.88331833180.9927720.9981850.058
3.3898-3.60232314.924.89332633260.9954170.9988510.044
3.2206-3.38982171.517.8329332930.9933190.9983230.061
3.0807-3.22062019.415.7330233020.9925830.9981370.064
2.9621-3.08071845.612.52328432840.9891510.9972690.081
2.8596-2.96211656.59.73328932890.9876950.99690.102
2.7701-2.85961474.78327932790.9855460.9963540.122
2.6911-2.77011238.16.47326132610.9774320.9942770.155
2.6205-2.6911971.15.27328432840.9713210.9926990.188
2.5562-2.62057674.3327632760.9547130.9883480.229
2.4981-2.5562588.73.31327032700.9337490.982720.302
2.445-2.4981471.82.43326432640.8810560.9678670.451
2.3964-2.445374.51.78327332730.8643840.9629430.569
2.3513-2.3964307.91.32325132510.767870.9320380.772
2.3089-2.3513260.71.01325632560.6654260.8939271.014
2.2701-2.3089231.70.7325032500.5434680.8391761.435
Serial crystallography sample delivery手法: injection

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→31.29 Å / SU ML: 0.5724 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 48.8829
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3563 2721 5.04 %
Rwork0.2913 51289 -
obs0.2947 54010 82.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→31.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7151 1077 111 184 8523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01078669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.197911958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01171379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.49913363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.320.528740.5401235X-RAY DIFFRACTION7.1
2.32-2.360.5683450.5299781X-RAY DIFFRACTION24.07
2.36-2.410.5711680.51791322X-RAY DIFFRACTION40.73
2.41-2.460.5125900.51521641X-RAY DIFFRACTION51.27
2.46-2.520.54781060.4992142X-RAY DIFFRACTION65.81
2.52-2.580.51441400.49592597X-RAY DIFFRACTION79.7
2.58-2.650.5191390.50332944X-RAY DIFFRACTION90.97
2.65-2.730.541730.49793252X-RAY DIFFRACTION99.59
2.73-2.820.56311530.48323271X-RAY DIFFRACTION99.85
2.82-2.920.53311660.47523277X-RAY DIFFRACTION99.94
2.92-3.030.47861720.41843255X-RAY DIFFRACTION99.91
3.03-3.170.43351960.38313255X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.340.472000.3443246X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.550.36691460.28743305X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.820.36021660.24083299X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.210.28031860.21193306X-RAY DIFFRACTION99.94
4.21-4.810.25981940.19563305X-RAY DIFFRACTION100
4.81-6.060.2941790.21623357X-RAY DIFFRACTION100
6.06-31.290.2561980.20553499X-RAY DIFFRACTION99.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.517842438920.135470786785-0.04444126028572.93348229680.02851561288952.28425939705-0.03707464478730.03388443849360.145797713178-0.08481596404230.101790979225-0.0741834500488-0.002885951169040.225099119798-0.0298284275620.0775217955930.01776427901240.02073226554910.280333255594-0.05433655074250.26090867556818.609463013716.9101162961-6.33667422544
21.535590344430.8399747213210.0401910432142.15332018976-0.5032947130642.24886405372-0.006148516252050.153053783508-0.3068406532670.1398551176340.128658835622-0.01031546491370.6667157024950.0456836263743-0.1024378598580.6090305458760.0464164432652-0.02940255224970.318501056989-0.05807268647790.35395889542710.0242166382-19.0549066752-24.500496114
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11chain 'A' or chain 'C' or chain 'D'A - DA - I3 - 14
22chain 'B' or chain 'F' or chain 'E'B - FD - M3 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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