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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oy4 | |||||||||
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タイトル | Time-resolved SFX structure of the class II photolyase complexed with a thymine dimer (300 ps pump-probe delay) | |||||||||
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![]() | LYASE / DNA binding protein / DNA repair enzyme / flavoprotein / photoenzyme | |||||||||
機能・相同性 | ![]() photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / nucleotide binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lane, T.J. / Christou, N.-E. / Melo, D.V.M. / Apostolopoulou, V. / Pateras, A. / Mashhour, A.R. / Galchenkova, M. / Gunther, S. / Reinke, P. / Kremling, V. ...Lane, T.J. / Christou, N.-E. / Melo, D.V.M. / Apostolopoulou, V. / Pateras, A. / Mashhour, A.R. / Galchenkova, M. / Gunther, S. / Reinke, P. / Kremling, V. / Oberthuer, D. / Henkel, A. / Sprenger, J. / Scheer, T.E.S. / Lange, E. / Yefanov, O.N. / Middendorf, P. / Sellberg, J.A. / Schubert, R. / Fadini, A. / Cirelli, C. / Beale, E.V. / Johnson, P. / Dworkowski, F. / Ozerov, D. / Bertrand, Q. / Wranik, M. / Zitter, E.D. / Turk, D. / Bajt, S. / Chapman, H. / Bacellar, C. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Time-resolved crystallography captures light-driven DNA repair. 著者: Christou, N.E. / Apostolopoulou, V. / Melo, D.V.M. / Ruppert, M. / Fadini, A. / Henkel, A. / Sprenger, J. / Oberthuer, D. / Gunther, S. / Pateras, A. / Rahmani Mashhour, A. / Yefanov, O.M. / ...著者: Christou, N.E. / Apostolopoulou, V. / Melo, D.V.M. / Ruppert, M. / Fadini, A. / Henkel, A. / Sprenger, J. / Oberthuer, D. / Gunther, S. / Pateras, A. / Rahmani Mashhour, A. / Yefanov, O.M. / Galchenkova, M. / Reinke, P.Y.A. / Kremling, V. / Scheer, T.E.S. / Lange, E.R. / Middendorf, P. / Schubert, R. / De Zitter, E. / Lumbao-Conradson, K. / Herrmann, J. / Rahighi, S. / Kunavar, A. / Beale, E.V. / Beale, J.H. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Ozerov, D. / Bertrand, Q. / Wranik, M. / Bacellar, C. / Bajt, S. / Wakatsuki, S. / Sellberg, J.A. / Huse, N. / Turk, D. / Chapman, H.N. / Lane, T.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 524.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 354.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8oetC ![]() 8oy3C ![]() 8oy5C ![]() 8oy6C ![]() 8oy7C ![]() 8oy8C ![]() 8oy9C ![]() 8oyaC ![]() 8oybC ![]() 8oycC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() データの種類: diffraction image data / 詳細: SciCat Metadata reference: 10.16907/87a9f7a4-073e-430c-aa7f-6a194897074f |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 57039.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF
#2: DNA鎖 | 分子量: 4256.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 4305.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 3種, 208分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/FDA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FDA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 100 mM Amm sulfate, 100 mM Acetate pH 4.6, 4% PEG 4000, 10 mM Tris pH 7.5, 75 mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.035 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.35→30.98 Å / Num. obs: 59707 / % possible obs: 99.998325 % / 冗長度: 702.570905 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / CC1/2: 0.9860937 / CC star: 0.9964929 / R split: 0.07 / Net I/σ(I): 12.593649 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1
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