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万見
- PDB-8oy1: Structure of the human Guanine Nucleotide-Binding Protein G(K) Su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oy1
タイトルStructure of the human Guanine Nucleotide-Binding Protein G(K) Subunit Alpha
要素Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3
キーワードSIGNALING PROTEIN / MODULATOR / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adenylate cyclase activity / GTP metabolic process / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / Adenylate cyclase inhibitory pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 ...negative regulation of adenylate cyclase activity / GTP metabolic process / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / Adenylate cyclase inhibitory pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (z) signalling events / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / midbody / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / cell cycle / cell division / lysosomal membrane / GTPase activity / centrosome / nucleolus / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Medrano, F.J. / Blanco, F.J. / Ferreras-Gutierrez, M.O.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-113225GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the human Guanine Nucleotide-Binding Protein G(K) Subunit Alpha
著者: Ferreras-Gutierrez, M.O. / Medrano, F.J. / Blanco, F.J.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3362
ポリマ－36,8931
非ポリマー4431
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15190 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)113.065, 113.065, 68.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3 / G(i) alpha-3


分子量: 36892.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08754
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium MES at pH 6.5 containing 20% PEG 8000 and 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→58.7 Å / Num. obs: 5841 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 156.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 3.342→3.52 Å / Num. unique obs: 292 / CC1/2: 0.79 / % possible all: 79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4746精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.34→58.7 Å / SU ML: 0.4862 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.173
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2801 266 4.56 %
Rwork0.2046 5570 -
obs0.2082 5836 85.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 166.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→58.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 28 0 2572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01132619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29983536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6705975
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.34-4.210.39181100.30042216X-RAY DIFFRACTION69.64
4.21-58.70.26011560.18683354X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21163283571-2.183236744272.905355263973.02699516328-1.793208612493.487406726840.1394597875980.3668259976580.699892551157-0.0375274572558-0.0601717997942-0.3929979075120.4112635421990.243168888158-0.1397955796881.27706524056-0.2997836828120.1860389468761.40232391656-0.05873644558221.3521220532521.7680598199-32.3250928337-8.75291652101
25.69926913116-1.97097673006-1.524854080822.34808868764-0.01170111483263.66146869838-0.6153019185050.793782443854-0.221324281671-0.2262320584290.06751360832470.07899316856180.8206138512970.336325624440.4798636139451.4267126219-0.00486725677323-0.04674854239171.570784538680.0645466724711.3051486620721.6830629631-51.7469981241-5.53164809321
35.34026114391-4.458042244561.725229493932.687177803160.9768511520682.234394570630.0887581672310.3530467659030.6449553691450.0601867067555-0.763101574608-0.869259792411-0.6830245837680.2284572119130.1618408183651.39888607279-0.285466009816-0.06329065637851.628178021860.3259135464241.4229530133719.5726807209-24.4044768544-8.57459993645
47.24557707954-1.47330834732-0.1860718029656.34139301404-0.9031733219448.94399773768-1.12878197823-2.414689720181.565694973510.280581040031.318230667570.05554413539720.788831893107-1.73739795889-0.04586116634230.95101566114-0.0196005493861-0.1267998669891.82442522635-0.1831399127331.740580816891.98515499998-28.5301066048-8.1036763607
56.5104265523-3.7510930115-3.840648992136.458270026213.21827974873.38786621006-0.2140673040710.8456739902852.006386224740.9862593338530.5518136845630.5795387641920.592238582375-0.99244722224-0.2243434880970.859174586247-0.292945161016-0.276022991591.62607625193-0.18709156942.301092741223.32384192196-17.9951659217-13.8525551973
63.937867325861.12643605113-0.256383936074.650938008161.722272275153.73116489301-0.632566694323-0.561711992784-0.58178833374-0.2408359503850.3508970680011.156784320580.366995766259-0.5006486173160.4897079732991.42840403603-0.145796201271-0.3212132438861.590969101610.04040687625791.675900342230.328761132135-32.660089022-20.2514273591
75.269566697524.246832300931.791183669125.02416787486-1.086657210663.94199235731-0.499910530912.679584957461.5325811532-3.63380393249-0.276928199239-0.586004881199-0.583455569448-0.02449257393381.383625453322.306251445320.0460902103277-0.1930929483421.850947323520.6319353727651.0733719897414.3745636866-18.5574757458-24.6233638011
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 33 through 90 )33 - 901 - 58
22chain 'A' and (resid 91 through 163 )91 - 16359 - 131
33chain 'A' and (resid 164 through 212 )164 - 212132 - 180
44chain 'A' and (resid 213 through 254 )213 - 254181 - 222
55chain 'A' and (resid 255 through 270 )255 - 270223 - 238
66chain 'A' and (resid 271 through 328 )271 - 328239 - 296
77chain 'A' and (resid 329 through 347 )329 - 347297 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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