PDB-8oxt: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUIN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oxt

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) H251A VARIANT COMPLEXED WITH N-ACETYLANTHRANILATE AS RESULT OF IN CRYSTALLO TURNOVER OF ITS NATURAL SUBSTRATE 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE UNDER HYPEROXIC CONDITIONS

要素

1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA HYDROLASE / DIOXYGENASE / COFACTOR-DEVOID

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase / 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenarthrobacter nitroguajacolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.003 Å

データ登録者

Bui, S. / Steiner, R.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Evolutionary adaptation from hydrolytic to oxygenolytic catalysis at the alpha / beta-hydrolase fold.
著者: Bui, S. / Gil-Guerrero, S. / van der Linden, P. / Carpentier, P. / Ceccarelli, M. / Jambrina, P.G. / Steiner, R.A.

履歴

登録	2023年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oxt.cif.gz	136.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oxt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oxt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oxt_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oxt_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8oxt_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	8oxt_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ojmC 7okzC 8a97C 8oroC 8oxnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

BBB: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

67.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.060, 120.060, 44.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 3 - 273 / Label seq-ID: 15 - 285

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase 分子量: 33222.324 Da / 分子数: 2 / 変異: C69S, H251A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenarthrobacter nitroguajacolicus (バクテリア) 遺伝子: hod, meqE, ARUE_113p00080, pAL1.008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O31266, 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase

#1: タンパク質

1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

分子量: 33222.324 Da / 分子数: 2 / 変異: C69S, H251A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Paenarthrobacter nitroguajacolicus (バクテリア)
遺伝子: hod, meqE, ARUE_113p00080, pAL1.008 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O31266, 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物	ChemComp-ZZ8 / 2-(ACETYLAMINO)BENZOIC ACID / N-ACETYLANTHRANILATE 分子量: 179.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PROTEIN AT 150 MG/ML IN STORAGE BUFFER 1.65M NA/K TARTRATE, 0.1M HEPES PH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM30A / 波長: 0.97981 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97981 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.8527
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.1473

反射

解像度: 2→29.12 Å / Num. obs: 42489 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 20.1

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2836 / R_pim(I) all: 0.535 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.003→29.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 4.319 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2355	1910	5.058 %
R_work	0.203	35855	-
all	0.205	-	-
obs	-	37765	87.421 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.706 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.683 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.683 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.365 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.003→29.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4440	0	82	167	4689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4763
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.387	1.642	6491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.203	1.586	9869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.961	5	563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.939	21.399	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.855	15	745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.759	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	4159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.175	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.438	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.428	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.863	2.77	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.862	2.77	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.703	4.142	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.701	4.142	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.825	2.9	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.825	2.899	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.708	4.297	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.708	4.297	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.657	32.205	5469
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.599	32.193	5449
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.045	0.05	9766

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04528	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04528	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.003-2.054	0.347	64	0.272	1249	X-RAY DIFFRACTION	42.0294
2.054-2.11	0.325	81	0.288	1612	X-RAY DIFFRACTION	54.4373
2.11-2.171	0.259	83	0.24	1911	X-RAY DIFFRACTION	67.4789
2.171-2.238	0.321	135	0.234	2236	X-RAY DIFFRACTION	80.8112
2.238-2.311	0.291	143	0.25	2414	X-RAY DIFFRACTION	91.3214
2.311-2.391	0.252	139	0.209	2496	X-RAY DIFFRACTION	96.2381
2.391-2.481	0.253	137	0.19	2427	X-RAY DIFFRACTION	96.8278
2.481-2.582	0.265	103	0.213	2417	X-RAY DIFFRACTION	99.8811
2.582-2.695	0.216	90	0.215	2298	X-RAY DIFFRACTION	97.8689
2.695-2.826	0.307	123	0.22	2222	X-RAY DIFFRACTION	99.0705
2.826-2.977	0.25	119	0.21	2099	X-RAY DIFFRACTION	99.2838
2.977-3.156	0.216	101	0.219	1992	X-RAY DIFFRACTION	99.8569
3.156-3.371	0.264	106	0.206	1875	X-RAY DIFFRACTION	99.4977
3.371-3.637	0.228	87	0.197	1731	X-RAY DIFFRACTION	98.1641
3.637-3.978	0.195	100	0.183	1568	X-RAY DIFFRACTION	97.2595
3.978-4.438	0.177	69	0.165	1481	X-RAY DIFFRACTION	99.1049
4.438-5.106	0.167	76	0.158	1292	X-RAY DIFFRACTION	99.4186
5.106-6.208	0.219	68	0.182	1128	X-RAY DIFFRACTION	99.5837
6.208-8.594	0.186	57	0.2	886	X-RAY DIFFRACTION	99.5776
8.594-29.12	0.28	29	0.196	521	X-RAY DIFFRACTION	94.1781

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