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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oxt | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) H251A VARIANT COMPLEXED WITH N-ACETYLANTHRANILATE AS RESULT OF IN CRYSTALLO TURNOVER OF ITS NATURAL SUBSTRATE 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE UNDER HYPEROXIC CONDITIONS | ||||||
![]() | 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bui, S. / Steiner, R.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Evolutionary adaptation from hydrolytic to oxygenolytic catalysis at the alpha / beta-hydrolase fold. 著者: Bui, S. / Gil-Guerrero, S. / van der Linden, P. / Carpentier, P. / Ceccarelli, M. / Jambrina, P.G. / Steiner, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 3 - 273 / Label seq-ID: 15 - 285
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB
#1: タンパク質 | 分子量: 33222.324 Da / 分子数: 2 / 変異: C69S, H251A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: hod, meqE, ARUE_113p00080, pAL1.008 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O31266, ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 179分子 ![](data/chem/img/ZZ8.gif)
![](data/chem/img/SRT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SRT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SRT / #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-K / #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PROTEIN AT 150 MG/ML IN STORAGE BUFFER 1.65M NA/K TARTRATE, 0.1M HEPES PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月29日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2→29.12 Å / Num. obs: 42489 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 20.1 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2836 / Rpim(I) all: 0.535 / % possible all: 89.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.706 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.003→29.12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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