PDB-8oxr: Structure of the N-terminal didomain d1_d2 of the Thrombospondin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oxr

タイトル

Structure of the N-terminal didomain d1_d2 of the Thrombospondin type-1 domain-containing 7A

要素

Thrombospondin type-1 domain-containing protein 7A

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) / Membranous Nephropathy / Thrombospondin repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / cell projection / actin cytoskeleton organization /

血管新生 /

細胞分化 / extracellular region /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bochel, A. / Mortensen, S.A. / Chojnowski, G. / Wilmanns, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the N-terminal didomain d1_d2 of the Thrombospondin type-1 domain-containing 7A
著者: Bochel, A. / Mortensen, S.A. / Seifert, L. / Hengel, F.E. / Jeffries, C.M. / Chojnowski, G. / Kretz, O. / Huber, T.B. / Tomas, N.M. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2023年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oxr.cif.gz	65.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oxr.ent.gz	45 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oxr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDRZ6associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thrombospondin type-1 domain-containing protein 7A

16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.843, 108.714, 53.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Thrombospondin type-1 domain-containing protein 7A 分子量: 16519.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THSD7A, KIAA0960 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UPZ6
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M bis-tris, 1.5 M ammonium sulphate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→57.56 Å / Num. obs: 9135 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 855 / CC_1/2: 0.62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→57.555 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / WR_factor R_free: 0.259 / WR_factor R_work: 0.197 / SU B: 10.481 / SU ML: 0.226 / Average fsc free: 0.9211 / Average fsc work: 0.941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.24 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2916	475	5.213 %
R_work	0.227	8636	-
all	0.23	-	-
obs	-	9111	99.792 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.873 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.122 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.418 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.296 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→57.555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1022	0	0	47	1069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	1.653	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.507	1.574	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.411	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.249	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.893	10	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.799	10	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.103	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.135	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.639	5.643	506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.622	5.648	506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.495	10.073	629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.522	10.083	630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.237	6.371	551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.231	6.381	552
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.161	11.342	812
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.154	11.349	813
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.43	55.769	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.438	55.853	1144

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.371	40	0.391	625	0.39	665	0.894	0.855	100	0.363
2.36-2.424	0.371	54	0.379	584	0.378	640	0.868	0.866	99.6875	0.342
2.424-2.494	0.385	38	0.317	588	0.321	626	0.887	0.909	100	0.29
2.494-2.571	0.308	40	0.314	575	0.314	615	0.923	0.919	100	0.283
2.571-2.655	0.395	40	0.298	551	0.304	591	0.9	0.939	100	0.258
2.655-2.748	0.407	25	0.279	535	0.284	560	0.921	0.943	100	0.231
2.748-2.852	0.329	14	0.247	548	0.249	562	0.925	0.956	100	0.209
2.852-2.968	0.287	19	0.262	535	0.263	554	0.935	0.949	100	0.223
2.968-3.099	0.326	19	0.273	486	0.274	507	0.922	0.947	99.6055	0.237
3.099-3.25	0.379	18	0.26	462	0.265	481	0.925	0.955	99.7921	0.239
3.25-3.425	0.384	32	0.252	436	0.259	468	0.904	0.96	100	0.226
3.425-3.632	0.326	18	0.229	435	0.234	458	0.947	0.972	98.9083	0.216
3.632-3.882	0.254	27	0.221	379	0.223	414	0.976	0.97	98.0676	0.199
3.882-4.191	0.298	23	0.177	368	0.184	392	0.941	0.981	99.7449	0.162
4.191-4.589	0.172	15	0.15	359	0.151	374	0.981	0.985	100	0.137
4.589-5.127	0.229	22	0.16	303	0.164	325	0.982	0.986	100	0.15
5.127-5.912	0.329	8	0.18	294	0.184	302	0.977	0.985	100	0.17
5.912-7.222	0.17	5	0.192	254	0.192	259	0.991	0.978	100	0.181
7.222-10.134	0.25	12	0.199	189	0.202	201	0.958	0.974	100	0.19
10.134-57.555	0.172	6	0.244	130	0.24	136	0.967	0.954	100	0.244

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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