PDB-8oxn: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUIN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oxn

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) S101A VARIANT COMPLEXED WITH 2-METHYL-QUINOLIN-4(1H)-ONE UNDER NORMOXYC CONDITIONS

要素

1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALPHA-BETA HYDROLASE /

DIOXYGENASE / COFACTOR-DEVOID

機能・相同性

機能・相同性情報

3-ヒドロキシ-2-メチルキノリン-4-オン-2,4-ジオキシゲナーゼ /

3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / :
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenarthrobacter nitroguajacolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bui, S. / Steiner, R.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Evolutionary adaptation from hydrolytic to oxygenolytic catalysis at the alpha / beta-hydrolase fold.
著者: Bui, S. / Gil-Guerrero, S. / van der Linden, P. / Carpentier, P. / Ceccarelli, M. / Jambrina, P.G. / Steiner, R.A.

履歴

登録	2023年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oxn.cif.gz	241.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oxn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oxn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ojmC 7okzC 8a97C 8oroC 8oxtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

BBB: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

CCC: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

DDD: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.4 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー

3

CCC: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー

4

DDD: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.800, 167.790, 167.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 3 - 275 / Label seq-ID: 15 - 287

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	2	1	BBB	B
3	3	2	AAA	A
4	4	2	CCC	C
5	5	3	AAA	A
6	6	3	DDD	D
7	7	4	BBB	B
8	8	4	CCC	C
9	9	5	BBB	B
10	10	5	DDD	D
11	11	6	CCC	C
12	12	6	DDD	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase 分子量: 33273.391 Da / 分子数: 4 / 変異: C69S, S101A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenarthrobacter nitroguajacolicus (バクテリア) 遺伝子: hod, meqE, ARUE_113p00080, pAL1.008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O31266, 3-ヒドロキシ-2-メチルキノリン-4-オン-2,4-ジオキシゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-VFH / 2-methyl-quinolin-4(1H)-one / 2-メチル-4(1H)-キノリノン分子量: 159.185 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PROTEIN AT 150 MG/ML IN STORAGE BUFFER 1.65M NA/K TARTRATE, 0.1M HEPES PH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5287
pseudo-merohedral	2	2	-H, -L, -K	2	0.4713

反射

解像度: 2→46.56 Å / Num. obs: 86750 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 12.7

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6256 / R_pim(I) all: 0.375 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→46.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.797 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1942	4298	4.96 %
R_work	0.1734	82361	-
all	0.174	-	-
obs	-	86659	99.82 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.936 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-16.477 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.801 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.676 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8904	0	76	158	9138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	9333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.336	1.641	12711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.213	1.586	19416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.615	5	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.358	21.699	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.648	15	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.281	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	7541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.14	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.401	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.351	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.662	3.488	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.661	3.487	4400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.745	5.218	5508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.745	5.218	5507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.8	3.692	4934
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.8	3.692	4935
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.077	5.452	7203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.077	5.452	7204
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.625	39.061	10158
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.624	39.059	10147
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.027	0.05	9562
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.032	0.05	9543
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.032	0.05	9554
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.034	0.05	9512
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.031	0.05	9535
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.033	0.05	9526

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0267	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0267	0.0501
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03244	0.0501
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03244	0.0501
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03226	0.0501
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03226	0.0501
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03435	0.0501
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03435	0.0501
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03071	0.0501
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03071	0.0501
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03299	0.0501
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03299	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.298	300	0.235	5974	X-RAY DIFFRACTION	98.8343
2.052-2.108	0.264	357	0.206	5754	X-RAY DIFFRACTION	99.7063
2.108-2.169	0.273	284	0.215	5730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.264	279	0.211	5593	X-RAY DIFFRACTION	99.8809
2.236-2.309	0.247	277	0.197	5295	X-RAY DIFFRACTION	99.9462
2.309-2.389	0.22	290	0.189	5217	X-RAY DIFFRACTION	99.9818
2.389-2.479	0.234	228	0.172	5082	X-RAY DIFFRACTION	99.9812
2.479-2.58	0.22	247	0.178	4806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.695	0.215	213	0.188	4695	X-RAY DIFFRACTION	99.6144
2.695-2.826	0.21	228	0.191	4489	X-RAY DIFFRACTION	100
2.826-2.978	0.222	225	0.192	4262	X-RAY DIFFRACTION	99.9777
2.978-3.158	0.222	222	0.193	4000	X-RAY DIFFRACTION	99.9763
3.158-3.375	0.191	198	0.178	3784	X-RAY DIFFRACTION	99.6996
3.375-3.644	0.182	195	0.17	3560	X-RAY DIFFRACTION	99.8936
3.644-3.989	0.151	185	0.16	3254	X-RAY DIFFRACTION	99.8838
3.989-4.456	0.151	154	0.139	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.7796
4.456-5.137	0.147	124	0.129	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.7494
5.137-6.273	0.149	132	0.147	2268	X-RAY DIFFRACTION	99.9583
6.273-8.791	0.154	99	0.155	1824	X-RAY DIFFRACTION	99.948
8.791-46.56	0.158	61	0.173	1097	X-RAY DIFFRACTION	99.3139

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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