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- PDB-8oxf: Enantioselective synthesis of fluorine-containing building blocks... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oxf
タイトルEnantioselective synthesis of fluorine-containing building blocks by employing mutant HHDH in a two-phase system
要素Halohydrin dehalogenase
キーワードHYDROLASE / Halohydrin dehalogenase / enantioselectivity / chiral azido alcohols
機能・相同性Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / Halohydrin dehalogenase
機能・相同性情報
生物種Arthrobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Majeric Elenkov, M. / Stefanic, Z.
資金援助 クロアチア, 1件
組織認可番号国
Croatian Science FoundationIP-2018-01-4493 クロアチア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Enantioselective synthesis of fluorine-containing building blocks by employing mutant HHDH in a two-phase system
著者: Majeric Elenkov, M. / Stefanic, Z.
履歴
登録2023年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halohydrin dehalogenase
B: Halohydrin dehalogenase
C: Halohydrin dehalogenase
D: Halohydrin dehalogenase
E: Halohydrin dehalogenase
F: Halohydrin dehalogenase
G: Halohydrin dehalogenase
H: Halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,49816
ポリマ－210,2148
非ポリマー2848
水33,9221883
1
A: Halohydrin dehalogenase
B: Halohydrin dehalogenase
C: Halohydrin dehalogenase
D: Halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2498
ポリマ－105,1074
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12470 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area32610 Å2
手法PISA
2
E: Halohydrin dehalogenase
F: Halohydrin dehalogenase
G: Halohydrin dehalogenase
H: Halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2498
ポリマ－105,1074
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12490 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area32690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.160, 60.060, 137.110
Angle α, β, γ (deg.)81.730, 80.260, 81.720
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Halohydrin dehalogenase


分子量: 26276.787 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. (バクテリア) / 遺伝子: hheA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93MS3
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1883 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 14% PEG4000, 0.1M CaCl2, 0.1M Tris-HCl buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→56.61 Å / Num. obs: 279665 / % possible obs: 61.8 % / 冗長度: 3.232 % / Biso Wilson estimate: 20.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.817 / Net I/σ(I): 8.82 / Num. measured all: 903993
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.381.9092.1910.1798157319151410.942.9697
1.38-1.482.6961.2590.554182268851155130.9621.58422.5
1.48-1.62.9251.5770.69259264102316560.9121.94349.4
1.6-1.753.0740.9791.1216685258921542860.5661.1992.1
1.75-1.963.3860.2673.3315579053332460100.9960.32186.3
1.96-2.263.3740.1556.5614467147007428750.9960.18691.2
2.26-2.763.460.09713.1213192239739381270.990.11595.9
2.76-3.913.4980.04327.0210344830659295740.9970.05196.5
3.91-56.613.4630.02739.15708116879164830.9990.03197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→56.61 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 1991 1.2 %
Rwork0.1972 164082 -
obs0.1977 166073 91.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.63 Å2 / Biso mean: 24.0827 Å2 / Biso min: 9.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→56.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14840 0 8 1883 16731
Biso mean--24.79 29.9 -
残基数----1944
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.77-1.810.34481430.2904121471229095
1.81-1.860.33891460.2736118551200192
1.86-1.910.36571210.35989714983575
1.91-1.980.3989960.3679192928871
1.98-2.050.31371590.2455122101236995
2.05-2.130.36851400.2643115001164089
2.13-2.230.30061490.2098120321218193
2.23-2.340.31991210.2409107021082383
2.34-2.490.26721520.1918125721272497
2.49-2.680.2661530.1947123651251897
2.68-2.950.22381530.1944125611271498
2.95-3.380.22061560.1776125501270698
3.38-4.260.20481480.158120691221794
4.26-56.610.15151540.1393126131276798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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