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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oxe | ||||||
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タイトル | Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase 1 from Solanum tuberosum (StITPK1) in complex with ADP/Mg2+ | ||||||
要素 | Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Inositol kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / inositol-3,4,5,6-tetrakisphosphate 1-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 6-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 5-kinase activity / inositol trisphosphate metabolic process / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Solanum tuberosum (ジャガイモ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å | ||||||
データ登録者 | Faba-Rodriguez, R. / Li, A.W.H. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024 タイトル: Crystal Structure and Enzymology of Solanum tuberosum Inositol Tris/Tetrakisphosphate Kinase 1 ( St ITPK1). 著者: Whitfield, H.L. / Rodriguez, R.F. / Shipton, M.L. / Li, A.W.H. / Riley, A.M. / Potter, B.V.L. / Hemmings, A.M. / Brearley, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oxe.cif.gz | 168.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oxe.ent.gz | 110.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8oxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8oxe_validation.pdf.gz | 773.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8oxe_full_validation.pdf.gz | 776 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8oxe_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8oxe_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36877.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 遺伝子: ipka / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4H2J0 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→75.59 Å / Num. obs: 519292 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 27.96 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.0434 / Rrim(I) all: 0.2088 / Net I/σ(I): 20.82 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 15 % / Num. unique obs: 50938 / CC1/2: 0.868 / CC star: 0.964 / % possible all: 99.21 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→75.59 Å / SU ML: 0.2199 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.3134 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→75.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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