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- PDB-8oxe: Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase 1 from Solanum tuberosum ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oxe
タイトルInositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase 1 from Solanum tuberosum (StITPK1) in complex with ADP/Mg2+
要素Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
キーワードTRANSFERASE / Inositol kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / inositol-3,4,5,6-tetrakisphosphate 1-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 6-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 5-kinase activity / inositol trisphosphate metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase, N-terminal / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase pre-ATP-grasp domain / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase, ATP-grasp domain / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase ATP-grasp domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Faba-Rodriguez, R. / Li, A.W.H. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M022978/1 英国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Crystal Structure and Enzymology of Solanum tuberosum Inositol Tris/Tetrakisphosphate Kinase 1 ( St ITPK1).
著者: Whitfield, H.L. / Rodriguez, R.F. / Shipton, M.L. / Li, A.W.H. / Riley, A.M. / Potter, B.V.L. / Hemmings, A.M. / Brearley, C.A.
履歴
登録2023年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3785
ポリマ－36,8771
非ポリマー5004
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)89.610, 140.770, 55.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

MG

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要素

#1: タンパク質 Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase


分子量: 36877.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 遺伝子: ipka / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4H2J0
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→75.59 Å / Num. obs: 519292 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 27.96 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.0434 / Rrim(I) all: 0.2088 / Net I/σ(I): 20.82
反射 シェル解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 15 % / Num. unique obs: 50938 / CC1/2: 0.868 / CC star: 0.964 / % possible all: 99.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
carelessデータ削減
carelessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→75.59 Å / SU ML: 0.2199 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.3134
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 810 4.81 %
Rwork0.1898 16025 -
obs0.1923 16835 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→75.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2444 0 30 124 2598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01032524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23263414
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0687374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0133436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8736340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.40.27221190.2262619X-RAY DIFFRACTION99.35
2.4-2.590.29041320.21862614X-RAY DIFFRACTION99.35
2.59-2.850.27351380.21682642X-RAY DIFFRACTION99.75
2.85-3.260.24621470.20022648X-RAY DIFFRACTION99.96
3.26-4.110.2461190.17362701X-RAY DIFFRACTION99.96
4.11-75.590.20341550.16972801X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.512397611910.513143723227-1.089367402482.46273444812-1.064141940044.37095832121-0.08265080978430.05692971019010.0785880594260.1978181746640.1292311479820.3713155419470.0845061241137-0.417940782976-0.01675968314030.224893109827-0.005989287202150.002742913405680.165467568666-0.03062058904730.258370610205-28.2857116689-22.205236743336.6325519667
21.412604469370.216917330862-0.9777271598474.751617037891.672955479233.63332940938-0.1073736275670.264144327325-0.265985931347-0.5130684210940.0522116505798-0.3390356195360.2584176415090.005895130989540.02986682787710.213540696939-0.00759928722453-0.01295477687110.2140976297360.01798078135630.229135896447-13.3259212775-22.090330230914.061389901
33.23763496138-1.12258645260.6001184196294.117122993040.8762007928510.855772769209-0.134038900007-0.0215769195095-0.175915815231-0.06145967617420.125562188943-0.5286062394190.1025961301590.340454117223-0.09445687776750.302778072992-0.02725414386950.06571998365090.4205405338290.0192088887810.428423171265-0.573442703636-13.206441946118.0905575782
42.62357216037-0.101407381741-0.8398314960124.56080140484-1.038495758975.05536266543-0.01211369580910.01368683960920.1605307435760.27891794290.09017904581340.281975867032-0.225020342971-0.377239676922-0.05106466773310.183133015392-0.0101642201484-0.04140236426290.118739214299-0.0246675764880.233879488856-24.2757623698-10.742466689829.9544893378
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 8 through 119 )8 - 1191 - 112
22chain 'A' and (resid 120 through 203 )120 - 203113 - 196
33chain 'A' and (resid 204 through 251 )204 - 251197 - 233
44chain 'A' and (resid 252 through 320 )252 - 320234 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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