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- PDB-8ox3: Structure of the murine LYVE-1 (lymphatic vessel endothelial rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ox3
タイトルStructure of the murine LYVE-1 (lymphatic vessel endothelial receptor-1) hyaluronan binding domain bound with octasaccharide hyaluronan.
要素Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1
キーワードCELL ADHESION / Hyaluronan binding / cell migration / lymphatic system
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan catabolic process / positive regulation of cellular extravasation / Hyaluronan degradation / hyaluronic acid binding / hyaluronan catabolic process / cargo receptor activity / receptor-mediated endocytosis / cell periphery / transmembrane signaling receptor activity / cell adhesion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD44 antigen-like / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Ni, T. / Banerji, N. / Jackson, D.J. / Gilbert, R.J.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Nature Communications / 年: 2025
タイトル: Structure of the murine LYVE-1 (lymphatic vessel endothelial receptor-1) hyaluronan binding domain in an unliganded state
著者: Bano, F. / Banerji, S. / Ni, T. / Green, D.E. / DeAngelis, P.L. / Paci, E. / Lepsik, M. / Jackson, D.J. / Gilbert, R.J.C.
履歴
登録2023年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6549
ポリマ－34,6101
非ポリマー2,0448
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, sedimentation velocity ultracentrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area6200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.107, 56.963, 30.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.272, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-656-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1 / LYVE-1 / Cell surface retention sequence-binding protein 1 / CRSBP-1 / Extracellular link domain- ...LYVE-1 / Cell surface retention sequence-binding protein 1 / CRSBP-1 / Extracellular link domain-containing protein 1


分子量: 34609.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lyve1, Crsbp1, Xlkd1 / 細胞株 (発現宿主): CHO K1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q8BHC0

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1155.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122A-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b3-c1_c4-d1_d3-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 178分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG5000, 0.1M bis-Tris pH6.5, 18 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→46.95 Å / Num. obs: 46097 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 7.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / Num. unique obs: 193 / CC1/2: 0.4 / Rrim(I) all: 1.075

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_4899精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_4899 / カテゴリ: モデル精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.05→46.9 Å / SU ML: 0.069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.4149
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1629 2211 4.8 %
Rwork0.1506 43840 -
obs0.1512 46051 69.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数868 0 134 173 1175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01171065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18911436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0932173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5972357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.05-1.070.406790.3161275X-RAY DIFFRACTION6.88
1.07-1.10.254250.2207541X-RAY DIFFRACTION13.68
1.1-1.130.2011470.1781817X-RAY DIFFRACTION21.08
1.13-1.160.2001760.16741180X-RAY DIFFRACTION30.1
1.16-1.190.1674800.15621632X-RAY DIFFRACTION41.2
1.19-1.230.1438990.15152160X-RAY DIFFRACTION54.41
1.23-1.270.21331280.15342961X-RAY DIFFRACTION74.33
1.27-1.320.16681960.15523684X-RAY DIFFRACTION93.09
1.32-1.380.1741940.15543690X-RAY DIFFRACTION93.73
1.38-1.460.15831710.14733747X-RAY DIFFRACTION94.23
1.46-1.550.1571820.14353792X-RAY DIFFRACTION95.05
1.55-1.670.16141970.14043768X-RAY DIFFRACTION95.4
1.67-1.830.15022050.14963827X-RAY DIFFRACTION96.23
1.83-2.10.15932290.14633804X-RAY DIFFRACTION96.9
2.1-2.650.15441710.15333946X-RAY DIFFRACTION97.84
2.65-46.90.16452020.15024016X-RAY DIFFRACTION98.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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